האינתיפאדה השנייה
גל טרור פלסטיני נגד ישראל בשנים 2000–2005 / ויקיפדיה האנציקלופדיה encyclopedia
האינתיפאדה השנייה (הקרויה בפי הפלסטינים אינתיפאדת אל-אקצא בערבית: انتفاضة الأقصى; תעתיק מדויק: אנתפאצ'ת אלאקצא) הייתה התקוממות פלסטינית אלימה נגד מדינת ישראל, שהחלה בסוף ספטמבר 2000. היא פרצה בתום שלוש שנים של שקט יחסי בין ישראל והפלסטינים, שהופר באירועי מנהרת הכותל ובאירועי יום הנכבה 2000. הכינוי שניתן על ידי צה"ל לאירועים אלה (עוד לפני פריצתם) היה "'אירועי גאות ושפל". כינוי זה נותר קוד פנימי במערכת הביטחון; השם הנהוג בישראל כיום הוא "האינתיפאדה השנייה", להבדיל מהאינתיפאדה הראשונה.
מערכה: הסכסוך הישראלי-פלסטיני | |||||||||||||||||||||
מלחמה: הסכסוך הישראלי-ערבי | |||||||||||||||||||||
תאריכי הסכסוך | 27 בספטמבר 2000 – 8 בפברואר 2005 (4 שנים ו־19 שבועות) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
קרב לפני | האינתיפאדה הראשונה | ||||||||||||||||||||
קרב אחרי | מבצע גשמי קיץ | ||||||||||||||||||||
מקום | ישראל, יהודה ושומרון, רצועת עזה | ||||||||||||||||||||
תוצאה |
ירידה משמעותית בפעילויות טרור ביו"ש ובלימת פיגועי ההתאבדות, פגיעה קשה בתשתיות הטרור הפלסטיני, הקמת גדר ההפרדה ומימוש תוכנית ההתנתקות. שחיקה בריבונות הפלסטינית בעקבות מבצע חומת מגן. | ||||||||||||||||||||
|
התקוממות אלימה זו כללה בתחילתה מהומות ופעולות מחאה בדרגות אלימות שונות, אך במהרה הפכו פעולות טרור ולוחמת גרילה לביטויה המרכזי. מאפיין מובהק של הפעילות הפלסטינית במאבק זה היה שימוש נרחב בפיגועי התאבדות נגד אזרחי מדינת ישראל, שהחלו כבר באוקטובר 2000, כחודש לאחר תחילתה והתגברו ככל שנמשכה. תחילתה של האינתיפאדה הובלה על ידי ארגון הפת"ח בהמשך הצטרפו ארגון הג'יהאד האסלאמי והחמאס שהובילו את הפעילות האלימה. את פעולות הטרור נגד הישראלים ביצעו כלל הארגונים הפלסטינים כאשר החמאס היה הדומיננטי שבהם.
האינתיפאדה השנייה מוטטה כמעט לחלוטין את הסכם אוסלו מ־1993, והסלימה את הסכסוך לרמה שלא נראתה זה עשרות שנים. במהלכה נמנו אלפי קורבנות בשני הצדדים, הן בקרב הלוחמים והן בקרב האזרחים. האינתיפאדה גרמה גם למיתון בישראל, אשר שיאו היה בשנים 2002 ו-2003 ולפגיעה קשה בכלכלה הפלסטינית.
נקודת המפנה באינתיפאדה השנייה הייתה מבצע חומת מגן באביב 2002 בו צה"ל השתלט מחדש על מרכזי הערים הפלסטיניות ומחנות הפליטים ביהודה ושומרון, תוך מעצרם וחיסולם של מאות מחבלים, והחל בפעילות יומיומית לסיכול הטרור הפלסטיני, בסיוע השב"כ והימ"מ. הפעילות הביטחונית, בשילוב בניית גדר ההפרדה ומותו של יאסר ערפאת בסוף 2004, הביאו לדעיכת גל הטרור ביהודה ושומרון.
בעקבות יישום הסכמי אוסלו, נסוג צה"ל מאזורי יישוב פלסטיניים ביהודה, שומרון וחבל עזה, שעברו לשליטת הרשות הפלסטינית. במסגרת הרשות הפלסטינית הוקמו מנגנוני ביטחון שהיו אחראים על הביטחון ושמירת הסדר בשטחים שבשליטת הרשות הפלסטינית. בספטמבר 1996 פרצו מהומות מנהרת הכותל, שהיו סדרת קרבות קשים בין חיילי צה"ל לשוטרים פלסטינים בנקודות שונות, ובהם נהרגו 17 חיילי צה"ל וכ־100 פלסטינים. המהומות הראו כי צה"ל לא היה ערוך לאפשרות של עימות רחב היקף עם פלסטינים חמושים. בעקבות האירועים החליט הרמטכ"ל שאול מופז על הכנות מקיפות לקראת עימות עתידי דומה עם הפלסטינים, כאשר על ההכנות הופקד גל הירש כקצין אג"ם באוגדת איו"ש[3]. גל מהומות קצר התרחש ב-15 במאי 2000, שבו היו אירועי ירי פלסטינים בחסות הפרות סדר, וניסיון לפגוע בגל הירש, שהיה אז מח"ט בנימין. האירועים שבישרו את האינתיפדה שככו לאחר יום קרב והבאת מסוקי קרב וכוחות שריון. בעימותים נהרגו 8 פלסטינים, ונפצעו מספר חיילי צה"ל[4].
בין 11 ל-25 ביולי 2000, כחודשיים לפני פרוץ האינתיפאדה, נערכו שיחות קמפ דייוויד בתיווכו של נשיא ארצות הברית ביל קלינטון; בין משלחת ישראלית בראשות ראש הממשלה אהוד ברק לבין משלחת פלסטינית בראשות יו"ר הרשות הפלסטינית יאסר ערפאת, בניסיון להגיע להסדר קבע בין ישראל לפלסטינים. הצד הישראלי, בעידוד אמריקאי, הציע הסכם שבמסגרתו תוקם מדינה פלסטינית על 90% משטחם של יהודה, שומרון ורצועת עזה. הצד הפלסטיני בראשותו של ערפאת דחה הצעה זו, וגרס כי הצעותיו של ברק לא היו רציניות ולא פתרו בעיות מהותיות בסכסוך, כגון בעיית הפליטים ומחלוקות טריטוריאליות. העמדה הישראלית הרשמית גרסה כי הפלסטינים לא רצו להגיע לוויתורים בנושאים מרכזיים, כדוגמת מעמדה של ירושלים והר הבית, זכות השיבה והכרזה על סיום הסכסוך הישראלי-פלסטיני. עם זאת, חוקר הסכסוך שאול אריאלי, שעמד בראש המנהלת להסכם הביניים, טוען בספרו כי הצעתו של ברק הייתה מופרכת ולא רצינית, ונועדה להוות בסיס למו"מ בלבד, וכן כי השאיפה הישראלית בהסכם הייתה לא ריאלית, ולא הלמה את הפירוש המקובל להחלטות 242 ו-338 של מועצת הביטחון של האו"ם.[5] הנשיא ביל קלינטון, שהיה השותף המרכזי לשיחות, צידד בעמדה הישראלית והאשים את ערפאת בכישלון השיחות. בציבור הישראלי זכורה אמירתו של ברק בעקבות קמפ דיוויד לפיה "אין פרטנר פלסטיני", אלא שמספר יועצים פוליטיים שהגו את הקמפיינים שהדהדו מסר זה טענו בדיעבד שדובר היה במסר שנועד לצרכים פוליטיים פנים ישראליים, ואף כינו אותו "קמפיין שקרי" ו"ספין כוזב".[6]
אף על פי שרצח סמל גבעתי דוד בירי (נפצע אנושות ב-27 בספטמבר ומת מפצעיו למחרת, 28 בספטמבר 2000) נחשב לאירוע פתיחת האינתיפאדה, העילה הרשמית שהציגו הפלסטינים להתפרצות האירועים האלימים הייתה ביקורו של ראש האופוזיציה, אריאל שרון, בהר הבית, אירוע שקרה רק למחרת, ב-28 בספטמבר 2000. ישנן גם ראיות לכך שלאינתיפאדה היה תכנון פלסטיני מקדים. לדוגמה, עימאד אל-פאלוג'י, שהיה שר בממשלה הפלסטינית, צוטט באומרו כי האינתיפאדה תוכננה מיד לאחר כישלון שיחות קמפ-דייוויד ביולי באותה שנה[7]. מאוחר יותר, הכחיש פאלוג'י את דבריו אלו[8]. מחמוד א-זהאר, מבכירי חמאס, סיפר בריאיון לעיתון א-שרק אל-אווסט כי ערפאת נתן אור ירוק לחמאס לביצוע מספר פעולות טרור לאחר כישלון השיחות, והעביר נשק מהרשות הפלסטינית לחמאס לצורך כך[9]. בראיון טלוויזיוני שנערך עמה בסוף שנת 2012[10], טענה סוהא ערפאת שבעלה, יאסר ערפאת תכנן את האינתיפאדה השנייה. לדבריה, מחשש שיאונה לה רע, הוא אף ביקש ממנה להישאר בפריז לאור זה שהאינתיפאדה עתידה לפרוץ. מסעב חסן יוסף טען בספרו בן החמאס שהרשות הפלסטינית ראתה בביקורו של שרון הזדמנות להתקוממות שתוכננה יחד עם הסירוב להסכם בוועידת קמפ דייוויד כדי שיהיה אפשר להאשים את החמאס והפופולריות של הפת"ח תעלה.
על פי תחקירים מאוחרים שנעשו בקהילת המודיעין, העימותים הראשונים פרצו כמחאה עממית, בעקבות כישלון השיחות המדיניות, שחיתות וליקויי תפקוד פנימיים של הרשות הפלסטינית, וכן אירוע ביקור שרון בהר הבית, כאשר ערפאת אשר יזם את גל המחאה העממי גם ניצל אותו לצרכים מדיניים. צה"ל לא היה ערוך לטיפול בהפגנות הפלסטיניות עקב חוסר באמצעים לפיזור הפגנות, דבר שהוביל להרוגים פלסטינים רבים בעקבות שימוש באש חיה, ולהתרחבות העימות. בעקבות ההתדרדרות, איבדה הרשות הפלסטינית את השליטה על השטח, ובציבור הפלסטיני נוצרה אנרכיה, כאשר קבוצות חמושות שונות פועלות ביוזמות עצמאיות[11].
מנגד, דו"ח מיטשל, של הסנטור האמריקאי ג'ורג' מיטשל, שחקר את הנסיבות לתחילת האינתיפאדה, קבע: "אין לנו דרך להגיע למסקנות כי היה תכנון מכוון מראש של הרשות הפלסטינית לפתוח באלימות, או שהיה תכנון של ישראל להגיב בצורה שתביא לשפיכות דמים"[12]. יש שטענו שהנסיגה מדרום לבנון במאי 2000, שנתפסה ככישלון ישראלי בעקבות הלחץ הצבאי שהפעיל החזבאללה, הייתה מהגורמים שסייעו לפרוץ האינתיפאדה, שמועד התפרצותה נחזה על ידי צה"ל בדיוק של רבעון[13].
אחרים טענו כי פעולות צה"ל קודם העימות הובילו במידה רבה להתפרצות. לטענה זו, שיחות קמפ דייוויד היו מוצלחות, שכן לאחריהן המשיך ברק במשא ומתן עם הפלסטינים ואף הציע להם הצעות נדיבות מאלה שהציע בוועידת הפסגה. אלא שההכנות שצה"ל ערך לקראת לחימה, בהתבסס על הערכת מודיעין שצפתה עימות עתידי מול הפלסטינים, העבירה לפלסטינים מסר לפיו ישראל מתכוננת לעימות צבאי, וכך הפכה הערכת המודיעין לנבואה המגשימה את עצמה[14]. בקרב ציבור הימין יש הטוענים כי הסכמי אוסלו היוו זרז וגורם משמעותי לפרוץ האינתיפאדה.
תחילת האינתיפאדה
- ערכים מורחבים – מהומות הר הבית (2000) פרשת מוחמד א-דורה, הלינץ' ברמאללה, אירועי אוקטובר 2000
בעקבות כישלון שיחות השלום בוועידת קמפ-דיוייד שנערכה ביולי 2000 גבר המתח בשטחי יהודה ושומרון, ולאחר ביקורו של ראש האופוזיציה, אריאל שרון, בהר הבית בסוף חודש ספטמבר הסלים המצב. כוחות הביטחון העריכו כי הביקור יעבור בשלום והחליטו לאשר את קיומו. ב־28 בספטמבר קיים אריאל שרון, מלווה בשמירה כבדה, את ביקורו המתוכנן בהר הבית בליווי שישה חברי כנסת מהליכוד. מאות פלסטינים שהיו במקום התעמתו עם שוטרים שהופקדו על אבטחת הביקור, ובעימותים נפצעו כ־20 שוטרים וכעשרה פלסטינים[15].
למחרת ביום שישי ה־29 בספטמבר, ערב ראש השנה תשס"א, החריפו המהומות וחלה הסלמה ניכרת בעימותים בהם נהרגו ישראלי ושבעה פלסטינים: בבוקרו של היום נרצח בקלקיליה קצין משמר הגבול יוסף טבג'ה, בעת אחד הסיורים המשותפים של צה"ל והמשטרה הפלסטינית, על ידי שוטר פלסטיני שהשתתף בסיור. לאחר תפילת הצהרים בהר הבית, פרצו מהומות שהחלו כמחאה על ביקורו של שרון בהר ביום הקודם. המתפרעים יידו אבנים לעבר רחבת הכותל המערבי, שפונתה. בתגובה פרצה המשטרה להר דרך שער המוגרבים והשתלטה על רחבת ההר תוך שימוש באש חיה ממנה נהרגו ארבעה פלסטינים וכ-200 נפצעו. עוד שלושה פלסטינים נהרגו במהומות שפרצו במקומות אחרים במזרח ירושלים. החדשות מהר הבית על ההרוגים הביאו לפרוץ גל הפגנות ומהומות ברחבי יהודה ושומרון עוד באותו יום, והגל התפרץ במלוא עוזו למחרת ונמשך פרק זמן ארוך יחסית.
ב-30 בספטמבר הפיצה רשת הטלוויזיה הצרפתית France 2 סרטון ודברי קריינות המתארים את מותו של הילד הפלסטיני מוחמד א-דורה, שנקלע עם אביו להפגנה אלימה מלווה בחילופי אש בצומת נצרים. הסרטון מתאר את ניסיונו של א-דורה לתפוס מחסה, יחד עם אביו, ואת מותו של הילד לאחר שנפגע מירי. קריינות הצילומים קבעה שא-דורה נהרג מירי מעמדת צה"ל בצומת ותחילה ישראל אף לקחה אחריות והתנצלה על התקרית. האב וילדו היו בקו האש בתוך חילופי היריות שהתרחשו באותו הזמן. הסרטון הוקרן פעמים רבות בטלוויזיה הפלסטינית והסעיר את הרוחות ומוחמד א-דורה הפך לסמל פלסטיני. מאוחר יותר פורסמו תחקירים שונים המטילים ספק באמינות הסרטון וישראל חזרה בה מלקיחת האחריות[16], אך היה זה זמן רב לאחר שהסרטון תרם לשלהוב הרוחות.
בהתפרעויות בקבר יוסף בשכם שאירעו ב־1 באוקטובר, השתלטו כוחות חמושים של המשטרה הפלסטינית על אתר התפילה היהודי שבקרבתו נמצא מחנה צה"ל. במהלך קרב היריות שהתפתח במקום דימם למוות שוטר משמר הגבול, מדחת יוסף, והפלסטינים לא אפשרו לפנותו לבית חולים. צה"ל נמנע כל העת מלפרוץ למקום, תוך שהוא סומך על הבטחותיו של ג'יבריל רג'וב לדאוג לפינויו של השוטר. הפינוי התעכב, והשוטר דימם למוות במשך כמעט ארבע שעות. גופתו פונתה עם הגעת הסיוע הפלסטיני שעות אחרי מותו[17]. בדיקה של ועדה פרלמנטרית בנושא העלתה כי היה זה מחדל חמור של צה"ל. ישראל פינתה את הקבר ב-7 באוקטובר. לאחר הפינוי הרסו הפלסטינים את הקבר ובנו במקום מסגד[18].
ב־12 באוקטובר התבצע לינץ' בשני חיילי מילואים ישראלים שנכנסו בטעות לרמאללה. השניים נעצרו בידי המשטרה הפלסטינית ונלקחו לתחנת משטרה ברמאללה. המון זועם פלש לתחנה, ויחד עם שוטרים פלסטינים הכה את שניהם למוות, השליך את גופותיהם דרך החלון ובהמשך התעלל בהן. צוות טלוויזיה איטלקי תיעד את הלינץ' ושידר את התמונות. הלינץ' עורר את זעמה של דעת הקהל הישראלית, ותמונת הרוצחים המנופפים את ידיהם מגואלות הדם בשמחה דרך החלון נהפכה לסמל. בתגובה למעשה, ישראל הפציצה מבנים של הרשות הפלסטינית והחלה במצוד אחרי מבצעי הלינץ'. לבסוף נעצרו כל מבצעי הלינץ' על ידי צה"ל.
אירועי האינתיפאדה כללו בתחילתם מהומות ספונטניות לצד הפרות סדר מאורגנות. במהלך התקהלויות אלו, ירו חמושים פלסטינים ובהם שוטרים, אש חיה על כוחות צה"ל. צה"ל הגיב בירי מסיבי, ובבדיקה שנערכה שבועות ספורים לאחר תחילת האירועים התברר שבימים הראשונים לאירועים נורו כמיליון קליעים על ידי צה"ל.
המהומות גלשו בימים הראשונים אל תוך ישראל, בעקבות הפגנות המוניות שערכו ערביי ישראל כמחאה על ההרוגים בהפגנות ובהתפרעויות הפלסטיניות.
במהלך ההפגנות נחסם כביש נחל עירון, כמו גם כבישים נוספים בסמוך ליישובים ערביים, הוצתו יערות ומבני ציבור ויודו אבנים ובקבוקי תבערה לעבר כוחות המשטרה. משטרת ישראל ומשמר הגבול הגיבו בירי אש חיה לעבר המפגינים. בתקופת המהומות אירעו גם תקיפות נגד אזרחים ערביים, מוסדותיהם ורכושם בידי ציבור יהודי[19]. במהלך המהומות נהרגו מירי המשטרה 12 ערבים ישראלים ופלסטיני אחד. כמו כן נהרג נוסע יהודי ישראלי בכביש החוף, מאבן שנזרקה על מכוניתו. הנהגת ערביי ישראל דרשה מהממשלה בראשות אהוד ברק להקים ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת האירועים, והממשלה נעתרה לכך.
בראש ועדת החקירה הממלכתית לבירור ההתנגשויות בין כוחות הביטחון לבין אזרחים ישראלים באוקטובר 2000, עמד השופט תיאודור אור (לכן כונתה "ועדת אור"). במסקנותיה מתחה הוועדה ביקורת קשה על שרים בממשלה, על קצינים במשטרת ישראל, ועל מנהיגים בציבור הערבי הישראלי. כיוון שהממשלה ממילא התחלפה, השרים שעליהם נמתחה הביקורת כבר לא כיהנו. גם הקצינים שספגו את מרב הביקורת פרשו מהמשטרה עוד בטרם פורסמו ההמלצות. עם זאת, הביקורת של הוועדה עוררה כעס רב הן בקרב שרים וחברי כנסת והן בהנהגת הציבור הערבי.
החל מהימים הראשונים של האינתיפאדה נורתה אש מנשק קל מהעיירה הפלסטינית בית ג'אלא על שכונת גילה בדרום ירושלים (השכונה נמצאת מדרום לקו הירוק בשטח שהוחלה עליו ריבונות ונוסף לשטח המוניציפלי של ירושלים ב־1967). על אף שלא היו הרוגים מאש זו, המצב שבו פלסטינים יורים על שכונה בירושלים היה בלתי נסבל מבחינת ישראל שבתגובה ביצעה פעולות קשות נגד בית-ג'אלא, אף שהיורים לא היו מבין תושביה. הירי על גילה נפסק לחלוטין רק לאחר מבצע חומת מגן.
מקום נוסף אשר ספג ירי לאורך שנות האינתיפאדה הוא היישוב פסגות בבנימין צפונית לירושלים. הירי בוצע מאל בירה הסמוכה ליישוב וגם כאן לא היו נפגעים בנפש אולם תושבי היישוב ספגו פגיעות רבות ברכוש וכן פגיעה בחיי היום יום מכיוון שהירי בוצע באופן יומיומי. הירי נפסק לחלוטין רק לאחר מבצע חומת מגן.
בתחילת שנת 2001 חידשו הפלסטינים במרכזי הערים בישראל את פיגועי ההתאבדות (בערבית הם כונו: عمليّات استشهاديّة, "עמליאת אסתשהאדיה" - "פעולות הקרבה"), שהפכו במרוצת הזמן לביטוי המרכזי של ההתקוממות.
מאמצים מדיניים
אחד האירועים שהשפיעו במידה הרבה ביותר על התפרצות האינתיפאדה היה כישלונה של ועידת קמפ דייוויד שנערכה ב־12-25 ביולי 2000. התפוצצות ועידה זו, כמו גם כישלון פסגת המילניום שנערכה בתחילת ספטמבר וכישלון השיחה בין ברק לערפאת ב־25 בספטמבר תרמו לתחושת האין ברירה שליוותה את פריצת האינתיפאדה. לאחר ועידת קמפ דייוויד הודיע ברק כי "נתן הכול לפלסטינים" והם סירבו, הודעה זו בסיוע הודעה דומה של הנשיא קלינטון תרמה לתחושה זו בישראל.
במהלך האינתיפאדה השנייה התיאום הביטחוני נפסק לעיתים, והוא לא פעל ביעילות בשנים 2000 עד 2006[20]. תחילתה של האינתיפאדה לוותה בפרץ של פעילות מדינית; ב־4 באוקטובר נערכה פסגה בפריז, בין ברק וערפאת בהשתתפות מדליין אולברייט, מזכירת המדינה האמריקנית. ב־17 באוקטובר נערכה פסגת שארם (2000) בהשתתפות קלינטון, מובארק, ברק וערפאת. ב־23 בדצמבר פורסם מתווה קלינטון להסדר הקבע. ב־21-27 בינואר 2001 נערכה ועידת טאבה. בין הוועידות התנהלו מגעים אינטנסיביים ביותר להשיג הסדר מדיני כלשהו או לפחות הפסקת אש.[דרוש מקור]
מאמצים אלו סוכלו מסיבות שונות, בהן הערכתו הגוברת של ערפאת כי המשך האש יביא לתוצאות מדיניות חיוביות מבחינתו ואי רצונו להתעמת עם גורמי השטח שחתרו להסלמה. מהצד הישראלי ניתן למנות את חולשתו של ראש הממשלה, את חוסר האמון בפלסטינים שחלחל גם לגורמים שקודם לכן היו מאמינים אדוקים בתהליך השלום, ואת המעבר לפעילות צבאית בעלת אופי שנקבע ברמה המקומית (והתעלם לעיתים קרובות מהשלכות נרחבות יותר).
החל מהתפטרותו של ברק, ב־9 בדצמבר, החלו להיערך גם מגעים חשאיים בין ראש האופוזיציה שרון לבין ערפאת. מרבית מגעים אלו התנהלו בציר עמרי שרון-מוחמד ראשיד. לאחר בחירתו של שרון לראשות הממשלה, הפכו מגעים אלו לרשמיים והחלו לכלול גם מגעים עם ערפאת (שרון האב סירב לפוגשו). מגעים אלו היו פחות נמרצים אולם נמשכו למעשה עד לפרשת קארין איי בתחילת 2002. החל מבחירתו ועד לאמצע אוקטובר 2001 העמיד שרון דרישה מקדימה לשבעה ימי שקט מוחלט, ללא טרור, כתנאי לפתיחת משא ומתן מדיני עם הפלסטינים. עמדה זו אף אומצה על ידי ממשל בוש ב־28 ביוני 2001.
לצורך שיפור התמודדות עם התקשורת בשפה הערבית אופיר גנדלמן מונה לדובר משרד החוץ בערבית (תפקיד חדש שלא היה קיים קודם).
גל הטרור והתגובות אליו
המאפיין העיקרי של האינתיפאדה השנייה היה גל פיגועי ההתאבדות, שבוצעו בידי כל ארגוני הטרור הפלסטינים ואף בידי נשים וילדים. פיגועי ההתאבדות גרמו למאות הרוגים ואלפי פצועים בישראל. בסך הכל, נרצחו באינתיפאדה למעלה מ-1,100 ישראלים ונפצעו כ־8,000.
בתחילת שנת 2001, בעקבות הוראתו של ערפאת, שוחררו כל המחבלים - לרבות פעילי חמאס והג'יהאד האיסלאמי - מכלאי הרשות והחלו לפעול לביצוע פיגועים. גורמי מודיעין בישראל העריכו בדיעבד כי הוראה זו ניתנה בכינוס של נציגי הארגונים עם ערפאת שנערך ברמאללה ב־11 בפברואר. חלק גדול מהפיגועים ב־2001 היה מכוון אל אזור העמקים והשרון (חדרה, עפולה, כפר סבא ונתניה), שהיה פרוץ יחסית ושכן קרוב למרכזי הטרור של ג'נין ושכם. ברצועת עזה החל ירי מרגמות החל מסוף ינואר, ב־30 בינואר נורו לראשונה מרגמות לעבר נצרים ואילו הירי הראשון לכיוון שדרות בוצע ב־16 באפריל (והביא לכניסה של צה"ל לבית חנון).
בין הפיגועים הבולטים שבוצעו עד אמצע שנת 2001: רצח התינוקת שלהבת פס ב־26 במרץ בידי צלף פלסטיני בחברון, פיגוע בקניון בנתניה ב־18 במאי שבו נרצחו 5 ישראלים ופיגוע ההתאבדות בדולפינריום ב־1 ביוני, שבו מחבל מתאבד מחמאס רצח 21 צעירים. שרון החליט להגיב באיפוק על הפיגוע בדולפינריום ולתת לרשות הפלסטינית הזדמנות לפעול. בתחילת יוני סוכם על הפסקת אש בתיווכו של ג'ורג' טנט שהיה אז ראש ה-CIA וב־13 ביוני סוכם על קבלת תוכניתו לרגיעה, אולם לאחר ירידה באלימות לקראת ביקור מזכיר המדינה האמריקני קולין פאואל באזור ב־28 ביוני, התחדשה האש. חוסר פעולתה של הרשות הפלסטינית, ופיגועי טרור נוספים בקיץ (הקשה שביניהם היה הפיגוע במסעדת סבארו ב־9 באוגוסט שבו נרצחו 16 איש) גרמו מהר מאוד לאובדן האמון ברשות הפלסטינית ודרישה לתגובה צבאית תקיפה ונחרצת נגד הטרור.
ההתנקשות בשר רחבעם זאבי שבוצעה ב־17 באוקטובר 2001 גרמה להסלמה נוספת כאשר צה"ל נכנס לכמה מהערים הפלסטיניות בגדה. ב־1 בדצמבר וביום שלמחרת בוצעו שני פיגועי התאבדות. לעומת זאת באמצע דצמבר נראה שהמצב נרגע כאשר ערפאת נאם בערבית ב־16 בדצמבר נגד הפיגועים, ב־22 בדצמבר אמנם נאסר על ערפאת לצאת למיסה בבית לחם, אולם למחרת נחשף סיכום על הפסקת אש (שנחתם על ידי שמעון פרס ואבו עלא). בסוף דצמבר נראה היה כי משתרר שקט ואנתוני זיני שהגיע כשליחו של נשיא ארצות הברית בוש ב־3 בינואר 2002 היה אמור למצוא אזור שקט. ב־2 בינואר תפסה ישראל את אוניית הנשק קארין איי. חשיפת הקשרים של המבריחים עם הרשות הביאה להתדרדרות מדינית מהירה, לצד נתק ביחסים של ארצות הברית עם הרשות הפלסטינית, קריאתה להחלפת ההנהגה הפלסטינית, ומתן יד חופשית לישראל לפעול כנגד הטרור[3]. ב-10 בינואר הותקף מוצב אפריקה, הממוקם ליד מעבר כרם שלום, בהתקפה נהרגו 4 חיילים ישראליים מגדוד הסיור המדברי והשקט התערער. ב־14 בינואר נהרג בכיר גדודי חללי אל-אקצא ראאד כרמי, מה שהביא לכניסת הפת"ח למעגל הפיגועים בתוך תחומי הקו הירוק.
למרות ההצלחה הראשונית באירועי פתיחת האינתיפאדה, צה"ל לא הצליח להתמודד היטב עם המשך אירועי האינתיפאדה, התקשה להגן על צירי התנועה הארוכים ביהודה ושומרון מפיגועי ירי, ולמנוע מעבר מחבלים מתאבדים משטחי יהודה ושומרון לתוך ירושלים וישראל של הקו הירוק. בתחילת תקופה זו נמנע צה"ל מכניסה לשטחי A שהיו בשליטה פלסטינית מלאה מחשש לנפגעים רבים, אך החל משלהי 2001 החלו מבצעים בודדים שכללו כניסה לערים פלסטיניות ומחנות פליטים. הצלחת מבצעים אלו העלתה את הביטחון ביכולותו של צה"ל לפעול בשטחים פלסטינים בעיני מפקדיו והדרג המדיני[3].
מרץ השחור ומבצע חומת מגן
- ערכים מורחבים – מבצע חומת מגן
התדרדרות צבאית חלה גם בשטחי יהודה ושומרון כשב־19 בפברואר נהרגו 6 חיילים בפיגוע במחסום עין עריכ על ידי חוליה פלסטינית, ושלושה ימים לאחר מכן הרג צה"ל 50 שוטרים פלסטינים במבצע הגדול הראשון נגדם. ככלל, החל מאמצע ינואר 2002 שוב גבר הטרור, והגיע לשיאו בחודש "מרץ השחור", שבו נרצחו למעלה מ־135 ישראלים בפיגועי התאבדות בישראל שהתרחשו בתדירות יומיומית: ב־2 במרץ נרצחו 11 אזרחים בשכונת בית ישראל בירושלים, למחרת נרצחו 7 חיילים ו־3 אזרחים ליד עפרה, ב־7 במרץ נרצחו 5 מתלמידי הישיבה בעצמונה, ב־9 במרץ נרצחו 11 בפיגוע בקפה מומנט בירושלים, ב־20 במרץ נרצחו 7 בפיגוע באוטובוס בוואדי עארה, והשיא היה בפיגוע במלון פארק בנתניה בליל הסדר, ה־27 במרץ שבו נרצחו 30 איש. בסה"כ אירעו ב־27 הימים הראשונים של מרץ 23 פיגועים בשטחי יהודה ושומרון ובשאר שטחי מדינת ישראל. בתגובה לאירועים אלו תקפה ישראל את השוטרים הפלסטינים ואת ארגוני הטרור במתקפה חסרת תקדים וב־10 במרץ הודיע הרמטכ"ל מופז כי כ־200 פלסטינים נהרגו על ידי ישראל. ניסיון של שרון למנוע את התדרדרות המצב על ידי ויתור על הדרישה של "שבעת ימי השקט" ב־8 במרץ לא הצליח למנוע את ההתדרדרות המהירה במצב. גם הגעתו של זיני השליח האמריקאי לאזור ב־14 במרץ לא מנעה את התדרדרות המצב. בסופו של דבר לאחר הפיגוע בנתניה בערב ליל הסדר הורתה ממשלת ישראל על פתיחת מבצע חומת מגן, שבמהלכו נכבשו כמעט כל הערים הפלסטיניות בשטחי יהודה ושומרון.
במסגרת המבצע, נהרגו כ-500 פלסטינים, נתפסו מבוקשים רבים, הוחרמו מאות כלי נשק שונים, ואף נתפסו מסמכים רבים הקושרים את ערפאת ואת הרשות הפלסטינית לפעילות טרור. ערפאת עצמו בודד במוקטעה שברמאללה, לאחר שרובו של המבנה השלטוני נהרס, ולא הורשה לצאת משם. מוקדי ההתנגדות החזקים ביותר במבצע, היו שכם וג'נין. בקרב בג'נין השתמש צה"ל בדחפורי D9 משוריינים על מנת להכריע את הפלסטינים החמושים, להרוס תשתיות טרור ולסלק מטעני חבלה. דחפורים אלו השאירו הרס במחנה הפליטים ג'נין. בבית לחם ברחו מבוקשים לתוך כנסיית המולד, ורק ולאחר משא ומתן ממושך והתערבות של מדינות שונות, הם יצאו והיגרו למדינות שהסכימו לקלוט אותם. מאז המבצע יצא צה"ל מערים אלה וחזר אליהן פעמים אחדות. כניסת כוחות צה"ל לערים נעשו על פי רוב לפי צרכים מבצעיים, במיוחד לפי התרעות ממוקדות על מעבדות נפץ ופיגועי התאבדות.
גם במהלך המבצע ואחריו התרחשו פיגועי תופת נגד ישראל (ב־29 במרץ התאבדה איאת אל-אח'רס בירושלים והרגה שני אזרחים, ב־31 במרץ התרחשו פיגוע במסעדת מצה בחיפה שבו נרצחו 15 איש ופיגוע באפרת שבו נפצעו 6 אנשים), אך הם פחתו באופן ניכר ומוקד הפעילות הדרים לאזור חברון וההתקפות עברו אל תל אביב וירושלים מאחר שמרכזי הטרור בג'נין ושכם ספגו מכות קשות במבצע "חומת מגן".
אחרי מבצע חומת מגן
התחדשות הפיגועים הביאה לקראת סוף יוני את ישראל לפתוח במבצע דרך נחושה. מבצע זה היה למעשה רצף ארוך של פעילות נגד ארגוני הטרור הפלסטיניים בגדה המערבית, שמייצב תפישה מבצעית חדשה בכל הנוגע למלחמה בטרור ביהודה ושומרון. בניגוד למבצע חומת מגן שבו הופעלה מסה צבאית באופן מרוכז, במבצע הופעלו הכוחות באופן מבוזר, במאות פעולות נקודתיות שבוצעו באופן אינטנסיבי ומתחדש. למעשה, במהלך המבצע נפרשו כוחות צה"ל באופן קבוע בשטחי יהודה, שומרון ועזה והקימו מערך הגנה וסיכול שכלל גם שינויים בשטח (הקמת גדרות, חפירת תעלות, הצבת מחסומים ועוד). ארגוני שמאל וארגוני זכויות האדם מתחו ביקורת על השיטות בהן נקט צה"ל, בייחוד על השימוש בעוצר, על הריסת הבתים והשימוש ב"נוהל שכן" ומאוחר יותר בנוהל סיר לחץ. הביקורת התבטאה גם בסרבנות מאורגנת לשרת בשטחים מצד התארגנויות של חיילים ("אומץ לסרב") ותנועות "יש גבול" ו"פרופיל חדש".
באוגוסט 2002, לאחר סיום מבצע דרך נחושה, סיכמו ישראל והפלסטינים[21] על תוכנית "עזה ובית לחם תחילה" שבו נסוגה ישראל משטחה של בית לחם ומחלק מהעמדות בעזה. תוכנית זו נחלה הצלחה בשלביה הראשונים, ובאמצע אוקטובר הורחבה גם לחברון[22]. בעקבות סדרה של פיגועי ירי קטלניים, הפיגוע בחוות הדלק והגז פי גלילות ופיגוע התאבדות באוטובוס בתל אביב הטילה ישראל מצור נוסף על המוקטעה ברמאללה (מקום משכנו של ערפאת) בין 19 ל־29 בספטמבר אבל נאלצה לסגת בעקבות לחץ אמריקאי. תוכנית "בית לחם תחילה" שהורחבה ל"יהודה תחילה" התמוטטה בעקבות הפיגוע בציר המתפללים שאירע בחברון באמצע נובמבר[23] וצה"ל חזר לשלוט ישירות בעיר ולאחר מכן גם בבית לחם[24].
ב־2002 וב־2003 מיקדו המחבלים את התקפותיהם על אוטובוסים עמוסים במרכזי הערים הישראליות, אך בעיקר בירושלים, שהייתה הקרובה ביותר למרכזי הטרור בחברון ורמאללה. הפיגועים היו קטלניים ביותר וגרמו למאות הרוגים. הפיגועים הקשים באותה תקופה היו באוטובוס מספר 830 ליד צומת מגידו (17 הרוגים), באוטובוס מספר 32א בצומת פת בירושלים (19 הרוגים), במועדון "שפילד קלאב" בראשון לציון (15 הרוגים), באוניברסיטה העברית בירושלים (9 הרוגים), באוטובוס מספר 37 בחיפה (17 הרוגים) ובאוטובוס מספר 14א בירושלים (17 הרוגים).
לחלק מהפיגועים סייעו אנשים מקרב ערביי ישראל וערביי מזרח ירושלים (שהם בעלי תעודת זהות כחולה). חוליית סילוואן ממזרח ירושלים, שהופעלה על ידי החמאס, הייתה אחראית לפיגועים בקפה מומנט, באוניברסיטה העברית, בשפילד קלאב בראשון לציון וכן בניסיונות לפיגועים והטמנת מטענים בתשתיות אסטרטגיות. החוליה נעצרה בידי השב"כ. בצפון ובמשולש נחשפו הן חוליות טרור של ערבים ישראלים והן סייענים שהסיעו מחבלים מתאבדים.
שנת 2002 הייתה שנת השיא של העימות, ומבחינת ישראל גם השנה הקשה ביותר. במהלכה על פי נתוני השב"כ הוצאו נגד ישראל 53 פיגועי התאבדות, נרצחו 452 ישראליים ונפצעו 2,284.
את המציאות הביטחונית הקשה בשנתיים הראשונות של האינתיפאדה תיאר השופט אהרן ברק בפסק דין שניתן בספטמבר 2002 בעניין העברת בני משפחות של מחבלים מתאבדים מיהודה ושומרון לרצועת עזה: "מאז סוף חודש ספטמבר 2000 מתנהלת באזורי יהודה והשומרון וחבל עזה לחימה קשה. אין זו פעילות משטרתית. זהו סכסוך מזוין. במסגרתו בוצעו כ-14,000 פיגועים נגד החיים, הגוף והרכוש של אזרחים ותושבים ישראלים חפים מפשע ובהם זקנים וילדים, גברים ונשים. למעלה מ-600 אזרחים ותושבים של מדינת ישראל נהרגו. למעלה מ-4,500 נפצעו, חלקם באורח קשה ביותר.... השכול והכאב שוטפים אותנו. לחימתה של ישראל סבוכה היא. הצד הפלסטיני משתמש, בין השאר, בפצצות-אדם מונחות. מתאבדים אלה מגיעים לכל מקום בו מצויים ישראלים. הם זורעים הרג ודם בערים ובישובים. אכן, הכוחות הנלחמים בישראל הם טרוריסטים; הם אינם נמנים עם צבא סדיר; הם אינם לובשים מדים; הם מסתתרים בתוך האוכלוסייה הפלסטינית האזרחית באזור, לרבות במקומות קדושים; הם זוכים לתמיכת חלק מהאוכלוסייה האזרחית בכלל וכן לתמיכתם של בני משפחה וקרובים בפרט"[25].
ההודנה
במרץ 2003 מינה ערפאת את אבו מאזן לראש ממשלת הרשות הפלסטינית. מסוף אפריל עד יוני אירעו מספר פיגועים בולטים: ב-30 באפריל במייק'ס פלייס (3 הרוגים), ב-18 במאי בגבעה הצרפתית שבירושלים (7 הרוגים), ב-19 במאי בעפולה (3 הרוגים) וב-11 ביוני בקו 14 בירושלים (17 הרוגים). ב-26 ביוני נרצח עמוס מנטין, טכנאי בזק. מנגד בפעולה של צה"ל ב-1 במאי בשכונת סג'עיה בעזה נהרגו 13 פלסטינים[26] וב־21 ביוני בפעולה של הימ"מ נהרג עבדאללה קוואסמה, בכיר חמאס בחברון. אבו מאזן פעל להשגת הודנה, שהוסכמה לבסוף ב־26 ביוני 2003 (לאחר ועידת עקבה). בתקופת ההודנה חלה ירידה גדולה בכמות הפיגועים, אך עדיין בוצעו מספר פיגועי התאבדות קטלניים. ישראל בתגובה המשיכה לפעול נגד מחבלים, שלטענתה היו בגדר "פצצות מתקתקות". למרות זאת, ההודנה הייתה תקופה של שקט יחסי ונרשם בה מספר נמוך של הרוגים. ההודנה התאפיינה במאמצים מדיניים סביב מפת הדרכים, כמו גם בניסיון חזרה לשיתוף פעולה ביטחוני בין ישראל והרשות הפלסטינית. ההודנה קרסה באופן מעשי ב־19 באוגוסט. שני הצדדים האשימו זה את זה בהפרת ההודנה - ישראל ציינה את הפיגוע בקו 2 בירושלים באותו יום (23 הרוגים, ביניהם 7 ילדים, ו-130 פצועים) ואילו הפלסטינים את חיסולם של מוחמד סידר ב־15 באוגוסט ושל אסמאעיל אבו שנב ב־20 בו.
בעקבות קריסת ההודנה חידשה ישראל את מדיניות הסיכולים הממוקדים והחלה בסדרת פעולות ממושכת (אוגוסט-נובמבר) בחברון (ממנה יצא הפיגוע) שבהן נעצרו או נהרגו רוב מפקדי החמאס והג'יהאד האיסלאמי בעיר, ביניהם: נסים זעתרי, אחמד באדר, עז-א-דין מיסק ובאסל קוואסמה[27].
בשלהי 2003 בוצעו פיגועי תופת נוספים נגד ישראל, חלקם בהכוונת החזבאללה וסוריה. ב־4 באוקטובר 2003 ביצע הג'יהאד האיסלאמי פיגוע התאבדות במסעדת מקסים בחיפה בו נרצחו 21 בני אדם. בעקבות הפיגועים תקף חיל האוויר ישראל מחנה אימונים של מחבלים בסוריה[28], בסמוך לעין-צאחב, במטרה לאותת לסוריה לרסן את מפקדות ארגוני הטרור בתחומה[29].
בלימת הטרור
כבר משנת 2003 החלה ירידה בכמות הפיגועים המוצלחים ובכמות הנפגעים מפעולות טרור, אך השינוי הגדול התרחש בשנת 2004, אז ירד מספר ההרוגים הישראלים בכ־45%. השינוי מיוחס לגדר ההפרדה שהוקמה סביב השומרון, למודיעין והכרת השטח של השב"כ, לשליטה המלאה של כוחות צה"ל במרחב ובערים הפלסטיניות ולסיכולים שביצעו הכוחות[30]. מוקדי הטרור שנותרו ביו"ש היו הערים שכם, ג'נין וחברון - שכתוצאה מכך שהו תחת כתר ממושך והוקפו ברשת מחסומים. רוב מנהיגי הטרור ומהנדסי הנפץ בגדה - בייחוד אלה של החמאס, הג'יהאד האיסלאמי (גא"פ) וגדודי חללי אל-אקצא נהרגו או נעצרו בידי צה"ל בגל של פעולות מתמשכות ויומיומיות. את החלל מילאו כנופיות מקומיות וחוליות תנזים שלדברי מומחים צבאיים מומנו והודרכו על ידי חזבאללה. בג'נין, זכה זכרייה זביידי לתשומת לב תקשורתית, בעיקר הודות לנגישות שהייתה לו לעיתונות הישראלית, לדמותו הציורית וכן לעניין שגילתה בו פעילת השמאל הרדיקלי טלי פחימה. סגניו של זביידי, מחמוד אבו שרף, מחמוד אבו ח'ליפה וכאמל טאהר - שהיו מעורבים במספר רב של פיגועים - נהרגו על ידי כוחות הביטחון של ישראל, אך זביידי הצליח להתחמק מניסיונות חיסול ולבסוף הכריז על הפסקת מעורבותו במעשי טרור, הכרזה שהקנתה לו חנינה זמנית מול צה"ל. במאי - יולי 2004 נערך בשכם מבצע אישית לוחצת בפיקוד מפקד אוגדת איו"ש, תא"ל גדי איזנקוט[31], במהלכו נהרגו כ-20 מחבלים ובהם מספר מחבלים ששימשו בתפקידים בכירים בארגוני הטרור[32]. בספטמבר 2004, במהלך העבודה העיתונאית מטעם CNN בעזה נחטף על ידי חמושים פלסטינים העיתונאי ריאד עלי אך כעבור יממה הוא שוחרר.
בנובמבר 2004 החל מצב בריאותו של ערפאת להתדרדר, והוא הובהל לאשפוז בפריז (בפעם הראשונה לאחר שנים שלא הורשה לצאת מהמוקטעה ברמאללה). כעבור שבוע מת ערפאת בבית החולים וראשי הפת"ח החליטו למנות את מחמוד עבאס (אבו מאזן) ליורשו. ב־9 בינואר 2005 נערכו בחירות לנשיאות רשות הפלסטינית ובהן זכה אבו מאזן.
הפיגועים הבולטים שבוצעו בשנים 2004 ו־2005 היו באוטובוסים בירושלים (פיגוע אחד בוצע בסמיכות לדיון בבית הדין הבינלאומי לצדק על גדר ההפרדה), פיגוע כפול בבאר שבע (16 נרצחו) וב־2005: פיגועי התאבדות של הג'יהאד האיסלאמי מטולכרם בתל אביב (ה־Stage, חמישה נרצחו) ונתניה (קניון השרון, 5 נרצחו) ופיגוע בשוק בחדרה (6 נרצחו). שנת 2004 התאפיינה בהרבה ניסיונות פיגוע אך גם בסיכולים מוצלחים רבים של כוחות הביטחון, אך רק בשנת 2005 חלה גם ירידה בניסיונות לבצע פיגועים. זאת עקב מותו של יאסר ערפאת, הסכם הפסקת האש שהשיג אבו מאזן עם ארגוני הטרור והתמקדות תשומת הלב העולמית ברצועת עזה עקב תוכנית ההתנתקות.
בסוף ספטמבר 2005 נחטף בגדה ששון נוריאל על ידי החמאס במטרה להתמקח על שחרור אסירים (נוריאל לבסוף נרצח). חטיפה זו גרמה למעצרים המוניים של אנשי ארגוני הטרור במטרה למצוא את החטוף באמצעות חקירתם בישראל. מעצרים אלו לא עברו בשקט ובמהלכם נהרגו פלסטינים, כמעט כולם פעילי טרור, מה שגרם להתדרדרות משמעותית במצב ולגלישת האירועים גם לרצועת עזה.
תשתית הג'יהאד האיסלאמי בטולכרם המשיכה לנסות להוציא פיגועי התאבדות נגד ישראל. רובם סוכלו, אך שניים מהם הצליחו, בחדרה ובקניון השרון בנתניה. בפיגועים אלה נרצחו 11 בני אדם. מחסום פתע של צה"ל מנע פיגוע תופת קטלני שכוון נגד מופעי הילדים בחופשת חנוכה, המחבל התפוצץ על המחסום ומהפיצוץ נהרגו קצין בצה"ל ו-3 פלסטינים.
מ-2006 ואילך
בינואר 2006 ניצח חמאס בבחירות לפרלמנט הפלסטיני ובמרץ החל במגעים להרכבת הממשלה. ב-4 בינואר 2006 לקה אריאל שרון בשבץ מוחי ואהוד אולמרט תפס את מקומו בראשות הממשלה כממלא מקום ראש הממשלה.
חודש ינואר 2006 התאפיין בפיגועי ירי וסכינאות מצד הפת"ח, בהם נהרגו מספר ישראלים. חמאס הכריז על כוונתו לשחרר את רוצחי רחבעם זאבי ומזכ"ל החזית העממית לשחרור פלסטין אחמד סעדאת שהוחזקו בכלא יריחו במסגרת "הסכם רמאללה" שנחתם ב-2002. ב-14 במרץ 2006 עזבו הפקחים הזרים את הכלא מחשש לחייהם וכעבור זמו קצר החל מבצע הבאת ביכורים: כוחות צה"ל כתרו את המתחם וכלי צמ"ה ממוגנים החלו להרוס את המבנה עד שהמבוקשים הבכירים נכנעו והסגירו את עצמם. בעקבות המבצע איימו הפלסטינים, לרבות החמאס בגל פיגועי נקמה. מנגד, מצבה הכלכלי של הרשות הפלסטינית המשיך להתדרדר. ב-31 במרץ הצליח הפת"ח לבצע פיגוע התאבדות בקדומים בו נרצחו 4 אנשים.
בשנים 2005–2007 עבר מרכז הטרור ביהודה ושומרון לשכם ומחנות הפליטים שמסביבה, ובמסגרת הפעילות הטרוריסטית גויסו אף נערים ותלמידי תיכון לבצע פיגועים (המפורסם שבהם הוא חוסאם עבדו בילאל שנתפס במחסום חווארה ב-24 במרץ 2004[33][34]). צה"ל המשיך בפעילות סיכולית אינטנסיבית יומיומית שכללה פשיטות, מעצרים, הריגת מחבלים ופיצוץ מעבדות נפץ. הפעילות נשאה פרי וכמעט כל הפיגועים שעמדו לצאת בשנים אלה סוכלו בידי כוחות הביטחון (צה"ל, שב"כ, ימ"מ ומג"ב).
עקב דעיכת הטרור ביהודה ושומרון, ביצוע תוכנית ההתנתקות וניצחון חמאס בבחירות לפרלמנט הפלסטיני, עבר מוקד האלימות לרצועת עזה שם החלו ארגוני הטרור בירי רקטות קסאם לעבר יישובים ישראלים בעוטף עזה באופן קבוע.
הלחימה ברצועת עזה
במהלך כל שנות האינתיפאדה יצאו רק מעט פיגועי התאבדות מרצועת עזה לישראל, בזכות הגדר המקיפה את הרצועה ומונעת מעבר אדם. פיגועים רבים נעשו נגד ההתנחלויות ברצועת עזה ונגד חיילי צה"ל. בנוסף, הקימו הפלסטינים ברצועה "ארגון גג" לארגוני ההתנגדות והטרור, שנקרא ועדות ההתנגדות העממית ומנהיגיו הבולטים היו ג'מאל אבו סמהדאנה ועבד יוסף קוקה.
הלחימה בשנים 2000-2003
עיקר פעילות הטרור ברצועת עזה בשנים אלה כללה פיגועי ירי ומטענים אל עבר שיירות צבאיות ואזרחיות שנעו על הצירים ברצועה. זכור מכולם הוא הפיגוע באוטובוס הילדים ב-20 בנובמבר 2000, שבו נרצחו שניים מתושבי כפר דרום וילדים רבים נפצעו. בתגובה לפיגועים אלה נהג צה"ל לבתר זמנית את הרצועה ל-3 חלקים על ידי הקמת חסימות לאורך ציר טנצ'ר (המשתרע מצפון לדרום במרכז הרצועה) וחוף הים. בנוסף, דחפורים חישפו שטחים מסביב לצירי התנועה על מנת לתת מרחב התרעה לכוחות ולמנוע מהמחבלים מקומות מסתור שיאפשרו להם לבצע מארבי ירי או להטמין מטענים בסתר. פעולות החישוף הקטינו באופן ניכר את כמות הפיגועים על הצירים, למעט בציר קרני-נצרים (המחבר בין מעבר קרני לנצרים) וציר כיסופים (שהוביל לגוש קטיף) שנחלש על ידי חאן יוניס.
בעקבות ההצלחה היחסית של פעולות החישוף, והשמירה ההדוקה סביב ההתנחלויות, החליטו ארגוני הטרור לעקוף את מערכי ההגנה באמצעות ירי בנשק תלול מסלול. ב־30 בינואר נורו לראשונה פצצות מרגמה לעבר נצרים ואילו הירי הראשון לכיוון שדרות בוצע ב־16 באפריל. בתגובה נכנס צה"ל לראשונה לעיירה בית חאנון אך נאלץ לסגת עקב לחץ בינלאומי.
הפלסטינים הפעילו מטעני גחון כבדים שהשמידו 4 טנקים על צוותיהם, וביצעו שורה של פיגועי ירי ומטענים אל עבר ציר כיסופים המחבר את גוש קטיף עם יישובי עוטף עזה. בד בבד, גבר הירי של נשק תלול מסלול - בעיקר רקטות קסאם ופצצות מרגמה על ההתנחלויות ברצועת עזה והיישובים הסמוכים לה. החל מ-14 בספטמבר 2001 בוצעו התקפות על מעבר ארז שהתחזקו ככל שחלף הזמן, ושהגיעו לשיאן בשנים 2003–2004 בהן בוצעו עשרות התקפות על המעבר ואזור התעשייה המשותף, שגרמו לנפגעים רבים וכתוצאה מכך לסגירת רוב המפעלים הישראליים באזור ואובדן פרנסה לאלפי פלסטינים.
אחד ממוקדי העימות ברצועת עזה היה ציר פילדלפי: רצועה צרה שנותרה בידי ישראל לאחר הסכמי אוסלו על מנת למנוע הברחות נשק לתוך הרצועה. הפלסטינים, שניסו נואשות להשיג תחמושת ונשק כבד יותר, החלו לחפור מנהרות לעבר העיר רפיח המצרית ולהיעזר בשירותי המקומיים המצריים על מנת להבריח כמויות אדירות של נשק לרצועה. בתגובה על גילוי מנהרות ההברחה החלה ישראל להגביר נוכחות על הציר: חיל ההנדסה ופיקוד הדרום הקימו את פלוגת צמ"ה עזה ("אבירי הפלדה") וצוות מיוחד שהוקדש ללחימה במנהרות ההברחה, וכוחות צה"ל ביצעו פעולות חישוף על מנת לגלות מטעני צד וגחון ופתחים של מנהרות הברחה. כדי לסכל את פעילות צה"ל ירו המחבלים עשרות רקטות נ"ט אל עבר כוחות צה"ל שנעו בציר. בתגובה לירי הכבד, ביצע צה"ל פעולות חישוף גדולות ממדים ובהם הרסו דחפורים משוריינים מאות בתים שנשקו לגבול וצפו על מוצבי צה"ל. במקביל, החל חיל ההנדסה בבניית מערכת ביצורים לחיילי ששמרו בציר שכללה קיר שיגומים מברזל ומוצבים משודרגים. ההריסות ההמוניות ברפיח זכו לביקורת בינלאומית רבה, ומספר תקריות - כגון מותה בתאונה של פעילת השמאל האמריקנית, רייצ'ל קורי, ואסון הנגמ"שים - הביאו את הציר לתשומת לב הציבור הישראלי והקהילה הבינלאומית.
בספטמבר 2003 במבצע קטיף כלניות הוחמצה הזדמנות לחסל את צמרת החמאס אך לראשונה מנהיג החמאס אחמד יאסין היה יעד לחיסול למרות היותו "מנהיג פוליטי".
שנת 2004 : המבצעים הגדולים
מאבקה של ישראל בטרור הפלסטיני הסלים בחודש מרץ 2004, עם חיסולו של אחמד יאסין, מנהיג החמאס. בחיסולו הראתה ישראל, שגם "מנהיגים פוליטיים" בכירים, המעודדים טרור, אינם חסינים מפגיעה. חודש לאחר מכן נהרג יורשו של יאסין, עבד אל-עזיז רנטיסי. אחרי צמד החיסולים, ישראל זכתה לארבעת החודשים השקטים ביותר מאז פרוץ המאורעות האלימים. בתקופה זו לא הצליחו ארגוני הטרור לבצע פיגועי התאבדות בתוך ערי ישראל, ונרצחו 25 ישראלים (מהם 13 חיילים). בחודש מאי 2004 חלה הסלמה בטרור ברצועה, כאשר מחבלים מוועדות ההתנגדות העממית רצחו את טלי חטואל וארבע בנותיה בציר כיסופים ושבועיים אחר כך פוצצו שני נגמ"שים של צה"ל (ראו: אסון הנגמ"שים).
מיד אחרי סיום פעולות החיפוש אחרי שרידי הגופות, פתח צה"ל במבצע קשת בענן כדי להרוס את תשתית הטרור ברפיח. במבצע נהרגו 40 מחבלים ו־12 אזרחים פלסטינים ונהרסו 56 מבנים. בפעולה לא נפגע אף חייל ישראלי.
ב־30 בספטמבר 2004, בעקבות התקפת רקטות קסאם שהרגה ילד ופעוטה בשדרות, פתח צה"ל במבצע ימי תשובה בצפון רצועת עזה במטרה למנוע שיגור רקטות ופגיעה במחבלים. במהלך המבצע פעל צה"ל בעיירות בית חאנון ובית לאהיא, אך בייחוד במחנה הפליטים ג'באליה. במסגרת הפעולה נהרגו כ־130 פלסטינים, רובם מחבלים, וחוסלו 10 חוליות קסאם. כ־70 מבנים נהרסו ושטחים חושפו בצפון-מזרח ג'באליה. במהלך המבצע הועלו האשמות כנגד אונר"א, סוכנות הסיוע של האו"ם לפליטים הפלסטינים, שמתקניה, רכביה ועובדיה מסייעים לפעילות טרור, כאשר דובר צה"ל שלח לרשתות טלוויזיה זרות קלטת של אמבולנס שלתוכו הוכנסו רקטות קסאם. הסרט בסופו של דבר לא הציג ראיות חד משמעיות ופגע באמינות דובר צה"ל, אך פליטת פה של פטר הנסן, הנציב הכללי של אונר"א, הביאה בסופו של דבר להדחתו. המבצע הסתיים ב־15 באוקטובר.
בחודש דצמבר 2004 - הופגזו יישובי גוש קטיף באופן מסיבי בפצצות מרגמה ורקטות קסאם. ב־12 בדצמבר מחבלי החמאס פוצצו את מוצב JVT באמצעות מנהרת תופת, וגרמו למותם של 5 חיילים מגדוד הסיור הבדואי. לקראת סוף החודש החלו המחבלים לשגר רקטות קסאם גם על שדרות. צה"ל ביצע מספר פעולות נקודתיות בח'אן יונס וצפון הרצועה.
תהדיאה (הרגיעה)
בפברואר 2005 נערכה פסגת שארם א-שייח' בין אריאל שרון למחמוד עבאס בה ישראל הסכימה להקפיא את מדיניות החיסולים והריסת הבתים וזאת בתמורה להפסקת פעולות הטרור על ידי הפלסטינים. זה יחד עם התקדמות יישומה של תוכנית ההתנתקות הביאו את הרשות הפלסטינית וארגוני הטרור להגיע להסכם פנימי ביניהן על הפסקת אש ושינויים פנימיים ברשות הפלסטינית. על אף שבדיונים המוקדמים דובר על חזרה ל"הודנה", הוחלט בסוף על הכרזת "הרגעה" (בערבית: تهدئة; תהדיאה). אף שבפועל החלה הרגיעה עם התדרדרות מצבו של ערפאת בנובמבר 2004 הרי שרשמית היא החלה רק לאחר חתימת הסכם קהיר ב־17 במרץ 2005 (תקציר מופיע כנספח באתר ממר"י[35] שבו מופיעה התחייבות ל"הרגעה" עד סוף 2005. ה"הרגעה" לא הביאה להפסקה מוחלטת של פעולות הטרור, אולם מספרן ירד באופן חד (בייחוד מספרם של פיגועי-ההתאבדות) ועודד דיבורים על סיום האינתיפאדה.
התחדשות בהפגזות על שדרות ויישובי גוש קטיף חלה בחודשים מאי ויוני 2005. רוב הפרשנים טענו שירי חמאס נגד ישראל נועד דווקא כדי לאותת לאבו מאזן מי בעל הבית ברצועת עזה, ושהחמאס לא יסבול את דחיית הבחירות. שיא הירי התרחש ב־7 ביוני ובו נורו יותר מ־9 רקטות קסאם, 5 פצצות מרגמה ו־5 טילי נ"ט. מהירי נהרגו בגני טל פועל זר, ושני עובדים פלסטינים. הירי הכבד התחדש שוב ב־14 ביולי וגרם להרוגה ישראלית ביישוב נתיב העשרה מצפון לרצועה. אחרי תגובה ממוקדת של ישראל וביקור באזור של קונדוליזה רייס נמנעה תגובה צבאית ישראלית מסיבית. במקביל להורדת האש הישראלית, החלו עימותים פנימיים בין הרשות הפלסטינית לחמאס אשר גרמו ל-2 הרוגים ולעשרות פצועים, ותנועת החמאס החליטה, בהדרגה, להפסיק את ההפגזה. במשך חודש יולי (ובעיקר בין 16 ו-21 לחודש) הירי חדל סופית, בעקבות הקרבה לתוכנית ההתנתקות ורקטת קסאם שהחטיאה את מטרתה, הרגה פעוט פלסטיני בבית חאנון.
בעקבות הכרזתו של אריאל שרון על תוכנית ההתנתקות, החלו פגישות תיאום בין ישראל לפלסטינים על מנת להסדיר את היציאה בעזה כך שתעבור בשקט. רוב הפגישות התקיימו בין שאול מופז למוחמד דחלאן, שהתחייב לפרוס 7,500 שוטרים פלסטינים שימנעו אלימות בעת פינוי ההתנחלויות. במהלך פינוי היישובים, הפלסטינים שמרו על שקט כמעט מוחלט, וגורמים באמ"ן טענו כי הארגונים הפלסטינים אינם רוצים להצטייר בתור אלו שמחבלים בנסיגה. גם לאחר שני פיגועי טרור יהודיים, שאחד מהם נעשה בתושבי שפרעם ואחד מהם בשטח הרשות, נשמר האיפוק. לאחר השלמת פינוי גוש קטיף, הודיע אבו מאזן שהעם הפלסטיני עובר מ"הג'יהאד הקטן" - נגד ישראל - ל"ג'יהאד הגדול" - בניית מדינה פלסטינית משגשגת. רבים בישראל התייחסו להודעתו בחוסר רצינות אך בתקווה.
לאחר ביצוע ההתנתקות
- ערך מורחב – הלחימה ברצועת עזה מההתנתקות עד מבצע עופרת יצוקה
אחרי ביצוע תוכנית ההתנתקות גבר ירי רקטות הקסאם והגראד מרצועת עזה על ישראל ובפרט על יישובי עוטף עזה. בשנים 2006–2007 חמאס השתלט באלימות על הרצועה ודיכא באלימות את האופוזיציה של הפת"ח והמשיך את מגמת שיגורי הרקטות לעבר ישראל.. ישראל הגיבה בפעולות צבאיות שכללו סיכולים ממוקדים, תקיפות אוויריות ומספר מבצעים גדולים. אחרי ההתנתקות בנתה ישראל מערך ביצורים סביב הרצועה, המכונה ציר הוברס, על מנת למנוע התקפות טרור על יישוביה, בעיקר פיגועי חדירה ומיקוח. בתגובה לירי הרקטות וחטיפת גלעד שליט הכריזה ישראל על ממשלת חמאס ברצועה כ"יישות עוינת", סגרה ישראל את המעברים לרצועה והטילה עליה סגר (אך התירה מעבר סיוע הומניטרי לרצועה).
אירועים בולטים שהתרחשו מ-2004 עד אוקטובר 2023 כוללים את:
- מבצע קשת בענן (18 במאי 2004 – 25 במאי 2004): בא בעקבות אסון הנגמ"שים.
- מבצע ימי תשובה (30 בספטמבר 2004 – 15 באוקטובר 2004): בא בעקבות רצח 2 ילדים אחים בשדרות בעת ירי קסאמים לעיר.
- מבצע גשם ראשון (23 בספטמבר 2005 – 1 באוקטובר 2005): עימות ראשון אחרי ההתנתקות, שגלש גם ליהודה ושומרון, בו ישראל הגיבה בעיקר באמצעות תקיפות אוויריות.
- מבצע חץ דרומי (31 במרץ 2006 - 5 באפריל 2006):
- מבצע גשמי קיץ (25 ביוני 2006 – 26 בנובמבר 2006): מבצע קרקעי גדול שהחל עקב חטיפת החייל גלעד שליט והתבטא במספר רב של פעולות עומק קרקעיות לצד תקיפות אוויריות. במבצע נהרגו כ-400 פלסטינים, רובם מחבלים, ו-5 ישראלים.
- מבצע חורף חם (28 בפברואר 2008 – 3 במרץ 2008): במבצע נהרגו כ-120 פלסטינים ו-3 ישראלים.
- מבצע עופרת יצוקה (27 בדצמבר 2008 – 17 בינואר 2009): המבצע נפתח בשני גלים מסיביים של תקיפות אוויריות על תשתיות ומטרות חמאס, בהן כוח המשטרה שהקים סעיד סיאם (נהרג במבצע). בהמשך, כוחות קרקעיים רבים של צה"ל נכנסו לרצועה ולחמו במחבלים. מנגד, המחבלים ירו לראשונה רקטות 122 מ"מ לבאר שבע, אשדוד קריית גת וגן יבנה. במבצע נהרגו בין 1100 ל-1400 פלסטינים, רובם מחבלים, ו-13 ישראלים.
- מבצע הד חוזר (9 במרץ 2012 – 16 במרץ 2012): ההסלמה החלה בעקבות חיסול זוהיר אל-קייסי, מזכ"ל ועדות ההתנגדות העממית על ידי צה"ל ב-9 במרץ. בעקבות זאת החל ירי רקטות נרחב מרצועת עזה לעבר מטרות אזרחיות ויישובים וערים בישראל, ובתגובה תקף חיל האוויר הישראלי יעדי טרור. ההסלמה נמשכה מספר ימים ודעכה אל סיומה ב-16 במרץ.
- מבצע עמוד ענן (14 בנובמבר 2012 – 21 בנובמבר 2012): מבצע צבאי רחב-היקף של צה"ל ברצועת עזה, שהחל בחיסולו בסיכול ממוקד של אחמד ג'עברי, מפקדה בפועל של הזרוע הצבאית של החמאס. במהלך המבצע נערכו אלפי תקיפות על יעדים ברצועת עזה, ובמקביל נורו מרצועת עזה כ-1,500 רקטות לעבר יישובי הדרום ולראשונה מרצועת עזה בוצע ירי גם לעבר ערי המרכז בהן ראשון לציון, תל אביב וירושלים. המבצע הסתיים כעבור שבוע בהכרזה על הפסקת אש. המבצע לא כלל כניסה קרקעית לרצועה והתנהל בעיקרו על ידי חיל האוויר ובאופן מצומצם, חיל הים, חיל התותחנים ויחידות נוספות.
- מבצע צוק איתן (8 ביולי 2014 – 26 באוגוסט 2014):
- מבצע גן סגור (3 במאי - 6 במאי 2019): מבצע שנפתח בשיגור מאסיבי של רקטות על ידי החמאס אל עבר עוטף עזה, הנגב הצפוני, באר שבע והפזורה הבדואית ואף ערד ודימונה ולצפון לכיוון חבל לכיש, חבל עדולם ובית שמש ואף לראשונה ממבצע צוק איתן אל עבר השפלה והערים רחובות ויבנה. במבצע נורו 690 רקטות לשטח ישראל ונהרגו 5 ישראלים וחוסלו 25 מחבלים ברצועת עזה.
- מבצע חגורה שחורה (12 בנובמבר 2019 – 16 בנובמבר 2019): המבצע החל עקב חיסולו של מפקד החטיבה הצפונית של הג'יהאד האסלאמי בהאא אבו אל-עטא על ידי צה"ל, וכן עקב ניסיון חיסולו בסוריה של בכיר הג'יהאד אכרם עג'ורי. ארגון הג'יהאד הגיב בשיגור כ-450 רקטות לדרום הארץ ואף לשפלת יהודה וגוש דן ותל אביב-יפו וגרם לפציעתם של מספר אזרחים. בתגובה למתקפה זו, ישראל פתחה במתקפה אווירית וארטילריה לעבר רצועת עזה במשך יומיים.
- מבצע שומר החומות (10 במאי 2021 – 21 במאי 2021):
- מבצע עלות השחר (5 באוגוסט 2022 – 7 באוגוסט 2022): המבצע נפתח לאחר מספר ימי כוננות בעוטף עזה מחשש לירי טיל נ"ט לאחר מעצרו של פעיל בכיר של הג'יהאד האסלאמי ביהודה ושומרון באסם א-סעדי, כתוצאה מכך ב-5 באוגוסט, צה"ל פתח את המבצע בסיכול ממוקד של תייסיר אל-ג'עברי, מפקד החטיבה הצפונית של הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני בצפון רצועת עזה. למחרת הרג צה"ל גם את ח'אלד מנסור, מפקד החטיבה הדרומית. לאורך המבצע תקף חיל האוויר הישראלי מטרות המזוהות עם הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני ברצועת עזה, כולל מחסני אמצעי לחימה ועמדות צבאיות, מתקני שיגור רקטות ויעדים נוספים. בצד הישראלי, הוחל "מצב מיוחד בעורף" עד גוש דן, ותושבי עוטף עזה הונחו להישאר בקרבת מרחבים מוגנים, במהלך המבצע שיגר הג'יהאד האסלאמי לעבר ישראל כ-1,162 רקטות. מהן 946 חצו לשטח ישראל מתוכן כ-400 יורטו על ידי כיפת ברזל ב-96% אחוזי הצלחה. כ-17 לא יורטו ונפלו בשטחים בנויים. כ-34 נפלו בים וכ-182 רקטות נפלו והתפוצצו בשטח רצועת עזה, וגרמו למותם של 15 פלסטינים, בהם לפחות 7 ילדים.
- מבצע מגן וחץ (9 במאי 2023 – 13 במאי 2023): ב-2 במאי 2023 מת בכלא בישראל האסיר הביטחוני ח'דר עדנאן, חבר בפלוגות אל-קודס של הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני, אחרי שביתת רעב ממושכת, בתגובה למותו, בהמשך אותו היום שיגרו מחבלים מארגון הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני 102 רקטות לעבר שדרות, יישובי עוטף עזה וצפון הנגב. במטחים אלו נפצע קשה עובד זר בשדרות ונפצעו עוד כ-6 אנשים, במשך שבוע נמנעה ישראל מלהגיב על הירי מהרצועה, עד אישור ראש ממשלת ישראל, בנימין נתניהו, ושר הביטחון, יואב גלנט שפתח את המבצע ב-9 במאי, לפנות אותו בוקר חוסלו 3 בכירי הג'יהאד, ח'ליל אל-באהיתני, ג'יהאד ע'אנם וטארק עז א-דין, בהמשכו של המבצע חוסלו עוד 3 בכירי הארגון, אישה אחת נהרגה בישראל מירי הרקטות וגם עובד פלסטיני מרצועת עזה נהרג, ברצועת עזה חוסלו כ-30 מחבלים ונהרגו כ-13-20 אזרחים רובם כתוצאה משיגורים כושלים של הג'יהאד האסלאמי.
- מתקפת הפתע על ישראל - מלחמת חרבות ברזל (7 באוקטובר 2023 – הווה):
דעיכת האינתיפאדה ופיגועי טרור לאחריה
בעקבות השתלטות חמאס על רצועת עזה, פירוק ממשלת חמאס בידי אבו מאזן והקמת ממשלת פת"ח ברשות סלאם פיאד, הפסיקו ישראל וארצות הברית את החרם על הרשות, ופעלו לחיזוק אבו מאזן מול חמאס. שיאו של תהליך זה היה בועידת אנאפוליס (27 עד 28 בנובמבר 2007) שמטרתה הייתה להתניע מחדש את התהליך המדיני והמשא ומתן על הסכם קבע. הוועידה הסתיימה בהצהרה משותפת של ישראל והפלסטינים על פתיחת משא ומתן בין הצדדים ב-12 בדצמבר. ישראל, במחווה לאבו מאזן, שחררה כ-800 אסירים פלסטינים, בשתי קבוצות, שהאחרונה ביניהן שוחררה ב-3 בדצמבר 2007 וכללה 429 אסירים[36]. הרשות תגברה את מאמציה לתיאום ביטחוני עם ישראל ולמאבק בארגונים חמושים וארגוני טרור[37], אך נערכו גם ניסיונות לביצוע פיגועים: בפיגוע ירי שביצעו שוטרים פלסטינים נרצח מתנחל ישראלי[38], וב-28 בדצמבר 2007 התרחש הפיגוע בנחל תלם. ב-10 בינואר 2008 ביקר נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש בישראל וברשות הפלסטינית על מנת לקדם את התהליך המדיני.
ב-6 במרץ 2008 התרחש הפיגוע בישיבת מרכז הרב; מחבל תושב מזרח ירושלים חדר לישיבת מרכז הרב בירושלים ורצח 8 מתלמידי הישיבה. בחודש יולי 2008 התרחשה סדרת פיגועים במרכז ירושלים. ב-2 ביולי 2008 ביצע תושב מזרח ירושלים פיגוע דריסה באמצעות יעה אופני. בפיגוע נרצחו 3 אנשים, נפצעו למעלה מ-30 ונגרם נזק לאוטובוסים וכלי רכב. ב-12 ביולי ירו מחבלים אל עבר שוטרים בשער האריות; שוטר מג"ב שנפצע מן הירי מת מפצעיו מאוחר יותר[39][40]. ב-22 ביולי 2008 שוב ביצע תושב מזרח ירושלים פיגוע דריסה באמצעות יעה אופני בלב ירושלים. בפיגוע נפצעו 24 אנשים. המחבל נורה למוות על ידי אזרח ישראלי[41]. בשני המקרים הראשונים נהרג המחבל על ידי חייל[42], אשר הגיע למקום הפיגוע[43].
על אף העובדה שיש הסכמה רחבה שהאינתיפאדה השנייה הסתיימה (עקב דעיכה דרסטית של מקרי האלימות), תאריך סיומה שנוי במחלוקת, שכן אין אירוע משמעותי מוגדר שהביא לסיומה. פרשנים כמו סבר פלוצקר[44] סבורים שהאינתיפאדה הסתיימה בסוף 2004 עם מותו של יאסר ערפאת בנובמבר 2004, אז איבדו הפלסטינים את מנהיגם הוותיק והמאחד, דבר שהוביל לפגיעה במומנטום של גל הטרור ולהתדרדרות הפלסטינים למלחמות פנימיות (הידועה בהן היא עימות חמאס-פת"ח, אך היו גם עימותים בתוך הפת"ח). תוכנית ההתנתקות והנסיגה של ישראל מרצועת עזה בסוף אוגוסט 2005 נחשבת גם היא למאורע ותאריך שמסמן את סוף האינתיפאדה השנייה[45]. מחמוד עבאס (אבו מאזן), שירש את ערפאת כראש הרשות הפלסטינית, הצהיר לפני פסגת שארם א-שייח שזה סימן לסוף האינתיפאדה[46]. בפסגה עצמה הכריז עבאס שהאלימות תסתיים, ושאריאל שרון הסכים לשחרר 900 אסירים ולסגת מהערים הפלסטיניות ביהודה ושומרון. יש הרואים בכך סיום רשמי לאינתיפאדה. אף על פי כן, האלימות והטרור לא נפסקו לגמרי ונמשכו במינון לא זניח עד 2007[47][48]. ביולי 2007 נחתם הסכם המבוקשים[49] במסגרתו נכנעו למעשה פעילי הטרור המרכזיים באיו"ש והניחו את נשקם בתמורה להפסקת המצוד עליהם. בעקבות ההסכם למשך מספר שנים נפסקו כמעט לגמרי הפיגועים כנגד ישראל משטחי איו"ש, למעט אירועים של זריקות אבנים ובקת"בים בתוך שטח הגדה. לעומת זאת, ברצועת עזה, עליה השתלט החמאס, הלחימה נמשכת עד היום.
למרות השיחות המדיניות, לא הושגה התקדמות במשא ומתן בין ישראל לרשות הפלסטינית. ביטוי להתדרדרות היחסים היו ירי הרקטות המסיבי על ישראל מרצועת עזה ומבצע עופרת יצוקה שבא בתגובה לו. עם בחירתם של בנימין נתניהו לראש ממשלת ישראל ושל ברק אובמה לנשיא ארצות הברית ב-2009, נכנסו המגעים לקיפאון.