מניין תרי"ג מצוות, כפי שהוא מופיע בספר החינוך, מבוסס על מניין המצוות שמנה הרמב"ם בספר המצוות. החידוש העיקרי של מניין זה אינו ברשימת המצוות ובשיטת המנייה, אלא בעיקר בסדר המצוות. החינוך מסדר את המצוות על פי סדר פרשיות התורה, ומציין את מספר המצוות המופיעות בכל פרשה ומספרן של מצוות עשה ולא תעשה בכל פרשה.
עם זאת, ישנו הבדל בן מצווה אחת בין מניין הרמב"ם למניין המופיע בספר החינוך. מצווה תפ"ז בספר החינוך, היא האיסור להקריב קרבן פסח בבמת יחיד בתקופה שיש "היתר במות", אינה מופיעה בספר המצוות לרמב"ם. מאידך, לאו קמ"ח בספר המצוות לרמב"ם, הוא האיסור לזר (מי שאינו כהן) לאכול קדשי קדשים, אינו נמנה במניין המצוות של ספר החינוך. אמנם, ככל הנראה גם שינוי זה אינו חידוש של המחבר ואינו פרי כוונה לסטות ממניינו של הרמב"ם, אלא נובע מנוסח מוטעה של ספר המצוות שהיה לפני המחבר (ראו בערך ספר החינוך).
ישנם שני דפוסים לספר החינוך, דפוס פרנקפורט ודפוס ונציה. מניין המצוות שונה בין שניהם. המניין המובא כאן הוא מנין דפוס פרנקפורט הנפוץ יותר.
- מספר – מספר המצווה במניין ספר החינוך
- שם – שם המצווה
- ערכים – ערכי המצווה
- קרוב – מצוות קרובות
- רמב"ם – מספר המצווה בספר המצוות לרמב"ם
מספר | שם | ערכים | קרוב | רמב"ם |
כה | מצוות ידיעת ה' / אמונה בה' | אמונה באלוהים | | עשה א |
כו | איסור עבודה זרה | עבודה זרה | #כח, #כט, #פו, #קיא, #ריג | לאו א |
כז | איסור עשיית פסל לאדם (ואפילו על ידי אחרים) | איסור עשיית פסל | כז, לט, ריד | לאו ב |
כח | איסור השתחוויה לעבודה זרה | עבודה זרה | | לאו ה |
כט | איסור עבודה זרה בדרך עבודתה המקובלת | | לאו ו |
ל | איסור שבועת שווא | שבועת שווא ושבועת שקר | ל, רכז | לאו סב |
לא | מצוות קידוש השבת בדברים | קידוש, הבדלה | | עשה קנה |
לב | איסור עשיית מלאכה בשבת | שבת, ל"ט אבות מלאכה | | לאו שכ |
לג | מצוות כיבוד הורים | כיבוד אב ואם | #ריב, #רס | עשה רי |
לד | איסור רצח | לא תרצח | | לאו רפט |
לה | איסור ניאוף | לא תנאף | | לאו שמז |
לו | איסור גנבת אדם | לא תגנֹב | | לאו רמג |
לז | איסור עדות שקר | לא תענה ברעך עד שקר | | לאו רפה |
לח | איסור חמידה | לא תחמוד | | לאו רסה |
לט | איסור עשיית צורת אדם | איסור עשיית פסל | כז, ריד) | לאו ד |
מ | איסור בניית המזבח באבנים מסותתות (גזית) | מזבח העולה | מא | לאו עט |
מא | איסור עלייה למזבח במדרגות | כבש (מזבח) | מ | לאו פ |
מספר | שם | ערכים | קרוב | רמב"ם |
מב | דיני עבד עברי | עבד עברי | | עשה רלב |
מג | מצוות ייעוד אמה עברייה | אמה עברייה | | עשה רלג |
מד | מצוות פדיון אמה עברייה | | עשה רלד |
מה | איסור מכירת אמה עברייה | | לאו רסא |
מו | איסור גריעת שאר, כסות ועונה | שאר כסות ועונה | | לאו רסב |
מז | מצוות בית דין: מיתת חנק | ארבע מיתות בית דין | נ, קיד, רסא, תקנה | עשה רכז |
מח | איסור הכאת הורים | איסור הכאת הורים | | לאו שיט |
מט | דיני קנסות | קנס (הלכה) | | עשה רלו |
נ | מצוות בית דין: מיתת סייף | ארבע מיתות בית דין | מז, קיד, רסא, תקנה | עשה רכו |
נא | דין נזקי שור תם ושור מועד | קרן (אב נזיקין), נזקי בהמה | נג, נה-נו | עשה רלז |
נב | איסור אכילת שור הנסקל | שור הנסקל | | לאו קפח |
נג | דין נזקי בור | בור (אב נזיקין) | נא, נה-נו | עשה רלח |
נד | דיני גנב | גנבה | קל, רכד, רכח-רל | עשה רלט |
נה | דין נזקי שן ורגל | שן ורגל | נא-נג, נו | עשה רמ |
נו | דין נזקי אש | אש (אב נזיקין) | נא-נג, נה | עשה רמא |
נז | דין שומר חינם | דיני שומרים | נז-ס, רכה-רכו | עשה יב |
נח | דין טוען ונטען | | עשה רמו |
נט | דין שוכר | | עשה רמג |
ס | דין שואל | | עשה רמד |
סא | דין מפתה | פיתוי (הלכה) | | עשה רכ |
סב | איסור החייאת מכשפה | איסורי כישוף ביהדות | | לאו שי |
סג | איסור אונאת גר בדברים | אונאת הגר | | לאו רנב |
סד | איסור אונאת גר בממון | | לאו רנג |
סה | איסור עינוי אלמנה ויתום | כל אלמנה ויתום לא תענון | | לאו רנו |
סו | מצוות הלוואה לעני | מצוות הלוואה | | עשה קצז |
סז | איסור תביעת חוב כשאין ללווה מה לשלם | לא תהיה לו כנושה | | לאו רלד |
סח | איסור התעסקות בעסקי ריבית | איסור ריבית | סח, שמג, תקעב-תקעג | לאו רלז |
סט | איסור קללת דיין | איסור קללה, ברכת השם | | לאו שטז |
ע | איסור קללת אלהים | | לאו ס |
עא | איסור קללת נשיא | | לאו שטז |
עב | איסור שינוי סדר התרומות והמעשרות | תרומות ומעשרות | עב, תקז | לאו קנד |
עג | איסור אכילת טרפה | טרפה | | לאו קפא |
עד | איסור שמיעת לשון הרע | לא תישא שמע שווא | | לאו רפא |
עה | איסור עדות של אדם פסול | פסולי עדות | | לאו רפו |
עו | איסור השתתפות עם עושי רע / דין הטיה לכף זכות בדיני נפשות | עונש מוות | עו-עז | לאו רפב |
עז | איסור הסמכות על דיין אחר בדיני נפשות / סדרי הדין בדיני נפשות | | לאו רפג |
עח | מצוות פסיקת הדין אחר רוב הדיינים | הכרעת רוב בדיינים | | עשה קעה |
עט | איסור רחמים על עני בדין | איסור הטיית משפט | עט, פא-פב, רלג-רלה | לאו רעז |
פ | מצוות עזרה להרמת משא ופריקתו | פריקה וטעינה | | עשה רב |
פא | איסור עיוות משפטו של אדם רשע | איסור הטיית משפט | עט, פא-פב, רלג-רלה | לאו רעח |
פב | איסור פסיקת דין על פי השערות | | לאו רצ |
פג | איסור לקיחת שוחד | איסור שוחד | | לאו רעד |
פד | מצוות שמיטת קרקעות | שמיטת קרקעות | פד, קיב | עשה קלד |
פה | מצוות שביתה בשבת | שבת, ל"ט אבות מלאכה | | עשה קנד |
פו | איסור שבועה באלהים אחרים | שבועה, עבודה זרה | כו, כח-כט, פו, קיא, ריג | לאו יד |
פז | איסור הדחת אנשים לעבוד עבודה זרה | מסית ומדיח | | לאו טו |
פח | מצוות עלייה לרגל | עלייה לרגל, שלוש רגלים | | עשה נב |
פט | איסור שחיטת הפסח כשיש חמץ ברשות האדם | קורבן פסח, ביעור חמץ | ה-ח, יג-יז, פט-צ | לאו קטו |
צ | איסור הלנת אימורי הפסח | נותר | | לאו קטז |
צא | מצוות הבאת ביכורים | ביכורים | צא, תרו | עשה קכה |
צב | איסור בישול בשר בחלב | בשר בחלב | צב, קיג | לאו קפז |
צג | איסור כריתת ברית עם שבעת עמי כנען ועם עובדי עבודה זרה | איסור כריתת ברית עם עובדי עבודה זרה | | לאו מח |
צד | איסור ישיבת עובדי עבודה זרה בארץ ישראל | לא תחנם | | לאו נא |
מספר | שם | ערכים | קרוב | רמב"ם |
קה | מצוות נתינת מחצית השקל | מחצית השקל | | עשה קעא |
קו | מצוות קידוש ידיים ורגליים | קידוש ידיים ורגליים | | עשה כד |
קז | מצוות משיחת כהן גדול בשמן המשחה | שמן המשחה | קז-קט) | עשה לה |
קח | איסור סיכה בשמן המשחה לזר | | לאו פד |
קט | איסור עשיית שמן המשחה לשימוש אישי | | לאו פג |
קי | איסור עשיית קטורת לשימוש אישי | קטורת הסמים | קג, קי | לאו פה |
קיא | איסור הנאה מתקרובת עבודה זרה | עבודה זרה, יין נסך | כו, כח-כט, פו, קיא, ריג | לאו קצד |
קיב | מצוות שביתה מעבודת קרקע בשנת השמיטה | שמיטה, מלאכות שביעית | פד, קיב, שכו-שכט | עשה קלה |
קיג | איסור אכילת בשר בחלב | בשר בחלב | צב, קיג | לאו קפז |