Pandémie de Covid-19
épisode viral débuté à Wuhan en 2019 / De Wikipedia, l'encyclopédie encyclopedia
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La pandémie de Covid-19 Écouter est une pandémie d'une maladie infectieuse émergente, appelée la maladie à coronavirus 2019 ou Covid-19, provoquée par le coronavirus SARS-CoV-2. Elle apparaît le à Wuhan[4], dans la province du Hubei (en Chine centrale), avant de se propager dans le monde.
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- 1 à 99 cas confirmés
- 100 à 999 cas confirmés
- 1 000 à 9 999 cas confirmés
- 10 000 à 99 999 cas confirmés
- 100 000 à 999 999 cas confirmés
- 1 000 000 à 9 999 999 cas confirmés
- Plus de 10 000 000 cas confirmés
- Patients hospitalisés à Téhéran (Iran).
- Groupe de travail du gouvernement italien sur les épidémies.
- Véhicules de désinfection vers Taipei (Taïwan).
- Contrôles sanitaires à l'aéroport de Milan-Linate.
- Rayons vides d'un supermarché australien en raison d'achats de panique.
Maladie | |
---|---|
Agent infectieux | |
Origine | |
Localisation | |
Premier cas | |
Date d'arrivée | (4 ans, 4 mois et 13 jours) |
Site web |
Cas confirmés |
703,87 millions (cumul jusqu'au )[2] |
---|---|
Morts |
L'Organisation mondiale de la santé (OMS) alerte dans un premier temps la république populaire de Chine et ses autres États membres, puis prononce l'état d'urgence de santé publique de portée internationale le .
Le , l'épidémie de Covid-19 est déclarée pandémie[5],[6] par l'OMS qui demande des mesures de protection essentielles pour prévenir la saturation des services de soins intensifs[7] et pour renforcer l'hygiène préventive (suppression des contacts physiques, bises et poignées de mains, fin des attroupements ainsi que des déplacements et voyages non indispensables, promotion du lavage des mains, mise en application de quarantaine, etc.). Pour freiner la formation de nouveaux foyers de contagion et préserver les capacités d'accueil de leurs hôpitaux, de nombreux pays décident des mesures de confinement, la fermeture de leurs frontières et l'annulation des manifestations sportives et culturelles. Ces décisions ont des conséquences économiques, sociales et environnementales et font peser des incertitudes et des craintes sur l'éducation, la santé et les droits fondamentaux des populations et sur l'économie mondiale.
L’Organisation mondiale de la santé déclare la fin de l'urgence sanitaire internationale le , soulignant que cela ne signifie pas que la maladie n'est plus une menace mondiale[8]. D'après le site worldometers.info qui compile les données gouvernementales de chaque pays, 22 millions de personnes sont encore déclarées infectées au , dont 35 500 dans un état « grave ou critique »[2].
Depuis l'apparition du SRAS puis du MERS, une nouvelle pandémie à coronavirus était attendue et annoncée par divers experts du domaine[9].
Le , le bureau de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) en Chine a été informé de cas de pneumonie d'étiologie inconnue (cause inconnue) détectés dans la ville de Wuhan, province du Hubei en Chine. Le , l'OMS décide de suivre de très près la situation à Wuhan, car pour l'OMS « Quarante-quatre cas de pneumonie nécessitant une hospitalisation en si peu de temps, cela doit appeler à la prudence ». Le décompte de l'OMS s'arrête au 3 janvier, et depuis lors le nombre de patients affectés est passé à 59, ont reconnu les autorités sanitaires chinoises. David Hui Shu-cheong[10], expert en maladies respiratoires à l'université de Hong Kong, interrogé par la chaîne américaine CNN, déclare : « C'est une toute nouvelle pneumonie virale. L'une des priorités est d'établir si elle est transmissible entre humains. La plupart des virus respiratoires peuvent être transmis par l'homme, et tout dépend, en fait, de savoir à quel point ils sont contagieux ». L'OMS note toutefois que pour l'instant aucune preuve d'un tel mode de transmission n'a pour l'heure été constatée. L'organisation internationale n'a d'ailleurs pas jugé nécessaire de faire des recommandations spécifiques aux voyageurs qui auraient à se rendre à Wuhan. Elle déconseille même de mettre en place des restrictions aux mouvements de biens et personnes en provenance de la Chine sur la base des informations disponibles. Plusieurs pays voisins ont néanmoins pris des mesures préventives. La Corée du Sud a mobilisé une équipe d'intervention spécialisée dans les mises en quarantaine sanitaire, tandis que les visiteurs en provenance de Chine qui se rendent à Singapour doivent passer des contrôles spécifiques à la douane[11],[12].
Selon des études phylogénétiques publiées entre février et , la maladie apparaît entre octobre et [13], et plus précisément à la fin du mois de novembre[14],[15]. Cependant, dans une étude publiée en juin 2020, des chercheurs de l'Université de Barcelone annoncent avoir trouvé la présence de ce virus dans des échantillons congelés des eaux usées de Barcelone, prélevés le 12 mars 2019[16].
Selon les informations connues en février 2020, le premier patient diagnostiqué (estimé à cette époque comme le patient zéro) est identifié le [17] à Wuhan dans la province du Hubei, en Chine centrale[18],[19].
Le est repérée la première hospitalisation[20].
L'Organisation mondiale de la santé (OMS) alerte dans un premier temps la république populaire de Chine et ses autres États membres, puis prononce l'état d'urgence de santé publique de portée internationale le , alors que 10 000 contaminations et 213 décès ont été enregistrés en Chine[21]. L'OMS n'avait depuis sa création, le 7 avril 1948, déclaré que cinq fois l'urgence internationale[22].
Le , un premier cas est découvert hors de Chine continentale. Deux navires de croisière (le MS Westerdam et le Diamond Princess) sont aussi touchés. Le nombre total de malades hors de la Chine dépasse les 1 500 à la mi-.[réf. nécessaire]
À partir de , le gouvernement chinois met en œuvre des procédures de confinement, et place plusieurs villes puis toute une région en quarantaine, fermant de nombreux sites publics et déployant des moyens sanitaires.[citation nécessaire]
La maladie se répand hors de Chine dès janvier, et le le nombre de nouveaux cas déclarés quotidiennement hors de Chine est plus élevé que dans le pays[23],[24],[25].
Le , l'épidémie de Covid-19 est déclarée pandémie[5],[6] par l'OMS, qui demande des mesures de protection essentielles pour prévenir la saturation des services de soins intensifs[7] et renforcer l'hygiène préventive (suppression des contacts physiques, bises et poignées de mains, fin des attroupements et des grandes manifestations ainsi que des déplacements et voyages non indispensables, promotion du lavage des mains, mise en application de quarantaine, etc.). Cette pandémie mondiale provoque des annulations en série de manifestations sportives et culturelles sur toute la planète, la mise en place par de nombreux pays de mesures de confinement pour freiner la formation de nouveaux foyers de contagion, la fermeture des frontières de nombreux pays, et un krach boursier du fait des incertitudes et des craintes qu'elle fait peser sur l'économie mondiale.[réf. nécessaire]
L'Institute for Health Metrics and Evaluation estime que le dix-millionième décès dû à la Covid-19 s'est produit le [26], soit seulement 1 an, 6 mois et 9 jours après la détection du premier cas. Our World in Data le situe entre le et le de la même année[3].
Ouverture et partage des données
La situation épidémiologique évolue constamment, mais les données sur le virus et la Covid-19[27] ont rapidement été partagées par les chercheurs. La séquence du génome est publiée dès le [28], moins d'une semaine après identification du virus. La première prépublication d'une hypothèse de transmission apparaît dès le [29].
Diverses revues et éditeurs scientifiques (ex. : The Lancet, qui a créé un hub dédié, Nature, Elsevier, etc.) ont mis à disposition des chercheurs et médecins, voire du grand public, leurs ressources (articles de revues ; manuels scientifiques et médicaux, les produits éducatifs…) ; Elsevier a créé à partir des données de Scopus une carte mondiale interactive d'experts ; et il autorise désormais l'exploration (en texte intégral) de ses données qui croissent exponentiellement depuis la fin 2019, dont via PubMed Central des NIH et la base de données OMS, « gratuitement, et sans limitations de copyright ». Elsevier et The Lancet ont signé la déclaration du Wellcome Trust, sur le partage, ouvert et rapide, des données et résultats de recherche sur la pandémie, afin d'aider à la riposte de santé publique et à sauver des vies[réf. nécessaire].
L'urgence sanitaire fait cependant que les découvertes et mises à jour médico-scientifiques sont publiées avec une relecture par les pairs plus rapide et moins méticuleuse que d'ordinaire, et parfois en prépublication avant revue par les pairs ; la qualité des données primaires et des sources secondaires doit dès lors être interprétée avec prudence[30]. En outre des lacunes de données sont dues au fait que les pays n'ont pas la même approche en termes de dépistage ou de transparence[31], pour des raisons financières, techniques et/ou de politique. S'y ajoute la qualité du système de veille sanitaire et de remontée de l'information. Le dépistage peut viser à être systématique (par exemple en Corée du Sud), être ciblé uniquement sur des porteurs du virus présentant des symptômes, ou ne viser que les cas les plus graves (par exemple en France)[réf. nécessaire].
Le dépistage, quand il existe (certains pays, dont la France ont manqué de tests durant des mois), ne se fait pas au même rythme partout. Il a été compliqué par le fait que la pandémie s'est propagée dans l'hémisphère nord en hiver, au moment où circulent d'autres virus respiratoires (virus grippaux notamment, qui produisent les mêmes symptômes initiaux, hormis l'hyposmie et l'hypogeusie caractéristique fréquente de la Covid-19)[32],[33] ; de plus il existe un décalage entre cas confirmés et cas réels. Les données sur la létalité (taux de décès parmi les personnes touchées) n'étaient pas fiables du fait du faible nombre de personnes testées, rendant la comparaison entre pays peu significative ; de même en ce qui concerne le nombre de morts imputés à la maladie dont les critères de recensement ne sont pas homogènes entre pays. Néanmoins, le taux de mortalité en fin de pandémie, sera significatif des politiques de santé publique menées dans chaque pays[34]. La gestion de la transmission asymptomatique est le « talon d'Achille » de la lutte contre la pandémie[35] ; et là où il n'y a pas une stricte distanciation physique, le dépistage des cas symptomatiques est nécessaire mais il est insuffisant car n'empêchant pas la diffusion du virus dans les endroits de vie collective (foyers, prisons, établissements de santé mentale fermés, refuges pour sans-abri et hôpitaux), surtout si l'on veut relâcher la distanciation physique[35].
Caractéristiques épidémiologiques de la phase d'émergence en Chine
Avertissements :
- Les bilans et chiffres ci-dessous sont à interpréter au regard des spécificités démographiques de la Chine. Sa pyramide des âges n'est, par exemple, pas comparable à celle de la France, mais proche de celle de l'Allemagne. Le sex-ratio y défavorise les femmes (113 garçons pour 100 filles à la naissance), sauf au-dessus de 65 ans (100 femmes pour 91 hommes) ; et la part du nombre d'enfants dans la population est très basse : en 2019 le taux de natalité y était de 10,4 naissances pour mille habitants (le plus bas depuis 70 ans) et le nombre de naissances (14,6 millions en 2019, soit 4 % de moins qu'en 2018) est le plus bas depuis près de 60 ans[36] ;
- Les chiffres ci-dessous ne concernent que des malades confirmés en Chine de source officielle ; il s'agit de la frange des malades les plus symptomatiques (donc plus facilement détectables) ; ces chiffres peuvent évoluer ; ils seraient probablement différents dans un pays à population très jeune ou avec un sex-ratio plus équilibré.[réf. nécessaire]
Selon un premier bilan épidémiologique, publié le , à partir de 44 672 cas confirmés en Chine[37] :
- 87 % de ces malades confirmés avaient de 30 à 79 ans ;
- 1 % seulement avaient 9 ans ou moins ;
- 1 % seulement avaient de 10 à 19 ans ;
- 3 % avaient 80 ans ou plus ;
- 75 % sont tombés malades dans la province du Hubei, et 86 % des expositions étaient liées à Wuhan (habitants, visiteurs ou contact étroit avec ces derniers) ;
- 81 % des cas confirmés étaient bénins (sans pneumonie ou avec une pneumonie légère) ;
- 14 % étaient sévères (avec dyspnée, fréquence respiratoire supérieure ou égale à 30 par minute, saturation en oxygène sanguin inférieure ou égale à 93 %, pression partielle d'oxygène artériel par rapport au rapport d'oxygène inspiré inférieur à 300 et/ou infiltrats pulmonaires supérieurs à 50 % en 24 à 48 h) ;
- 5 % des cas étaient critiques (insuffisance respiratoire, choc septique et/ou dysfonction ou échec d'organes multiples) ;
- taux global de létalité : 2,3 % (1 023 décès pour 44 672 cas confirmés) ;
- 0 % de décès chez les 9 ans et moins ;
- 0 % de décès chez les cas bénins ;
- 49 % de décès parmi les cas critiques ;
- 8 % de décès chez les 70 - 79 ans ;
- 14,8 % de décès chez les 80 ans et plus.
Le taux de létalité était beaucoup plus élevé en cas de comorbidités préexistantes :[réf. nécessaire]
- 10,5 % pour les maladies cardiovasculaires ;
- 7,3 % pour le diabète ;
- 6,3 % pour les maladies respiratoires chroniques ;
- 6 % pour l'hypertension artérielle ;
- 5,6 % pour le cancer.
Hypothèse d'une saisonnalité
De mi-janvier à mi-, des indices ont laissé penser que la Covid-19 pourrait être atténuée quand il fait plus chaud, et qu'une hausse de température moyenne pourrait atténuer sa contagiosité. Si cela était confirmé, une saisonnalité de la pandémie pourrait alléger la pression sur les services d'urgence à la belle saison dans l'hémisphère nord, et laisser un peu de temps à l'hémisphère sud pour se préparer et tirer parti des leçons apprises au nord[38]. C'est l'hypothèse posée par deux chercheurs des universités de Californie et de Chicago dans un article (non relu par des pairs). Ils ont rétrospectivement tenté d'isoler pour les deux mois d'explosion du nombre de cas en début de la pandémie le rôle de trois facteurs météorologiques (température, humidité, pluviométrie) de facteurs de confusion tels que l'amélioration de la réponse à la pandémie ou du degré et les hétérogénéités de promiscuité associé aux densités de population[38]. Au , leur analyse statistique basée sur l'étude rétrospective de 166 686 cas confirmés de Covid-19, dans 134 pays, échelonnés du au [38] concluait que :
- ni l'hygrométrie, ni les précipitations n'influencent la contagiosité de la Covid-19[38] ;
- pour chaque degré Celsius de température moyenne gagné (durant deux mois environ), la transmission de la COVID a semblé se réduire de 13 % en moyenne (entre −21 % et −4 %, IC 95 %). [réf. nécessaire]
Cette hypothèse est à confirmer, car en mars-avril, l'Italie et l'Espagne (deux régions chaudes de l'Europe) ont été particulièrement sévèrement touchées. De plus d'autres facteurs de confusion existent, dont la pollution de l'air qui, par exemple selon plusieurs études, a aggravé la situation en Italie[39].
Surmortalité induite par la pollution de l'air
Cette pollution est source de maladies respiratoires et cardiovasculaires, deux facteurs de risques de mortalité prématurée en général, et notamment en cas de SRAS et COVID-19[40].
Dès 2003 des chercheurs avaient noté que les symptômes du SRAS étaient aggravés là où l'air était pollué. Ainsi dans les zones modérément polluées de Chine, le risque de mort par SRAS était plus de 80 % plus élevé que dans les zones où l'air était relativement propre ; passant à 100 % en zone très polluée[41] ; de même pour la COVID-19[42].
Dès le début de l'épidémie chinoise de COVID-19, puis dans plusieurs régions du monde lors de la pandémie, la pollution de l'air semble aggraver le risque de mortalité par COVID-19[43]. En Chine, l'incidence de la COVID-19 s'est avérée significativement augmentée par les PM2,5 tandis qu'une corrélation entre les PM2,5 ambiantes et le taux de mortalité a également été établie[44].
En mars 2020, selon une étude allemande, la pollution particulaire aide à transporter le SARS-CoV-2, tout en augmentant la vulnérabilité des malades, et aggravant leurs symptômes[45].
Puis une autre étude, combinant les données épidémiologiques américaines et chinoises sur la pollution de l'air, la Covid-19 et le SARS de 2003, aux données italiennes et aux données satellitaires sur les particules fines polluantes (PM2,5), la météo et les données de pollution atmosphérique mesurée au sol a conclu que 15 % environ des morts par Covid-19 sont liés à une pollution chronique de l'air : 19 % en Europe, 17 % en Amérique du Nord et 27 % en Asie de l'Est ; 29 % des morts en République tchèque, 27 % en Chine, 26 % en Allemagne, 22 % en Suisse, 21 % en Belgique, 19 % aux Pays-Bas, 18 % en France, 15 % en Italie, 14 % au Royaume-Uni, 12 % au Brésil, 11 % au Portugal, 9 % en Espagne, 6 % en Israël, 3 % en Australie et seulement 1 % en Nouvelle-Zélande seraient dus à ce phénomène[46]. « À échelle mondiale, 50 à 60 % de la fraction anthropique attribuable (de cette surmortalité) est liée à l'utilisation de combustibles fossiles, jusqu'à 70 à 80 % en Europe, en Asie occidentale et en Amérique du Nord »[46].Toutes les études faites entre 2003 et 2020 sur ce sujet montrent une corrélation entre la pollution de l'air et la mortalité (pour le SRAS puis pour la COVID)[46].
Crainte d'autres vagues
« Dans les pandémies comme celle-ci, il n’y a jamais qu’une seule vague » insiste Matthieu Revest[47] (spécialiste des maladies émergentes au CHU de Rennes)[48] ; on sait effectivement, notamment via les exemples de pandémies grippales ou de peste, qu'un microbe émergent, contagieux et pathogène, peut générer plusieurs vagues pandémiques faisant le tour du monde sur plusieurs années. Dix-huit experts américains en modélisation épidémiologique ont été interrogés à ce sujet (les 16 et ) ; la probabilité moyenne assignée par ces experts à l'arrivée d'une « seconde vague » de COVID lors des mois d'automne (août-décembre) 2020 était de 73 %[49].
Fin , alors que, malgré des mesures de santé publique sans précédent, plus de 200 pays plongeaient dans la pandémie, la Chine et quelques autres pays semblaient commencer à en sortir. De leurs retours d'expériences, il ressort que le taux de létalité confirmé (CFR en anglais, case fatality rate) mis à jour par Leung[50] et ses collègues pour la Chine a chuté à 0,98 % (conforme au rapport du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies) alors qu'à Wuhan il avait atteint 5,08 % le [51] (taux de létalité apparent : nombre de décès imputables à la maladie divisé par le nombre de cas connus), à comparer avec une valeur de 0,8 % estimée pour la France[52] (IFR en anglais — Infection Fatality Ratio —, nombre de décès imputables à la maladie divisé par le nombre de cas réels estimé). Après le pic épidémique, les foyers de Covid-19 en Chine n'ont plus dépassé les capacités de soins de santé, prouvant l'efficacité des mesures prises[53].
En France, selon une évaluation de l'Institut Pasteur prépubliée le , environ 5,7 % des Français (3,7 millions de personnes) auront été infectés au (début du déconfinement). « Pour que l'immunité collective soit suffisante pour éviter une deuxième vague, il faudrait 70 % de personnes immunisées. On est très en dessous »[54] ; une seconde vague pourrait par exemple venir d'Europe, du Moyen-Orient et/ou d'Amérique, ou encore de foyers d'endémisation locaux. En , divers experts, dont certains en Chine et aux États-Unis[49] la redoutent. Et pour l'éviter, ils cherchent à répondre à plusieurs questions[55] :
- quelles ont été les mesures les plus efficaces pour stopper la transmission du SARS-CoV-2 en Chine lors de la 1re vague (tant pour les cas importés, que pour la transmission locale) ?
Dans The Lancet, Kathy Leung[56] (épidémiologiste à l'Université de Hong Kong) et ses collègues ont analysé[55] la gestion de la crise épidémique dans quatre villes et dix provinces de Chine (hors du Hubei), concluant que les mesures barrière (contrôle non-pharmaceutique) entamées le ont permis de maintenir un R0 inférieur à 1. Ce sont ensuite des cas importés du Hubei ou de l'étranger qui ont ensuite généré quelques nouveaux foyers. Fin mars-début avril, l'épidémie a accéléré dans plusieurs pays, évoquant des lacunes de préparation (ou une augmentation de la contagiosité)[réf. nécessaire] ; - quels auraient été les effets de mesures plus précoces (de distanciation physique, d'autres comportements barrière au sein de la population générale, ou de recherche rétrospective des contacts) ?
Des modélisations cherchent à calculer dans quelle mesure elles auraient alors pu mieux atténuer voire stopper l'épidémie. On a par exemple montré que les restrictions des voyages aériens ont eu un effet marqué à l'échelle mondiale, mais a été trop tardive en Chine où elle n'a pu retarder l'extension de l'épidémie que de 3 à 5 jours[57] ; - quels sont les « angles morts » qui, dans les stratégies descendantes ou locales de lutte, permettraient éventuellement au virus de reconquérir des territoires où il a été contrôlé[58] ? Par exemple, les données chinoises les plus complètes[51] indiquent maintenant que 81 % des patients n'ont que de légers symptômes (on souhaite les traiter à domicile pour ne pas surcharger les hôpitaux). Presque la moitié des malades conduits à l'hôpital n'avaient pas de fièvre, et 11 à 15 % des cas bénins n'en ont pas eu durant toute leur hospitalisation, et plus d'un tiers n'avaient pas de toux et près de 80 % pas de dyspnée[59],[60], ce qui rend difficile le respect du régime de maintien à domicile ;[réf. nécessaire]
- quelles sont les imprécisions statistiques initiales à identifier pour corriger les modélisations nécessaires à la gestion de crise? Par exemple, on a d'abord estimé que la période d'incubation était au maximum de 14 jours (chiffre tenu par l'OMS[61] et les médias de masse) mais les données scientifiques plus fines ont ensuite montré que 1 % des patients pouvait développer les symptômes après 14 jours de surveillance active ou de quarantaine[62] peut-être parfois jusqu'à 24 jours[59],[63]). De même a-t-on en janvier-février sous-estimé la durée maximale d'excrétion de virions (selon les données chinoises, les survivants hospitalisés excrétaient le virus sur une durée médiane de 20 jours ; 90 % n'en excrètent plus après 10 jours, mais les 10 % plus sévèrement touchés en excrétaient jusqu'à 25 jours[60] ;
- quelles conséquences néfastes pourrait avoir un relâchement prématuré des mesures?
Les modèles montrent que cette situation conduirait à retrouver une transmissibilité (R0) supérieure à 1, c'est-à-dire à une seconde vague épidémique ou pandémique[55].
Les experts font aussi des recommandations pour éviter une seconde vague.
- Selon Kathy Leung et al., pour préparer la résilience et éviter une seconde vague (qui risque probablement d'arriver avec le relâchement des mesures barrières et la reprise des activités économiques), il est urgent de mieux documenter et comprendre les effets de chaque type de mesure de lutte contre la pandémie et les effets de leurs interactions[55] ; cette équipe scientifique a aussi montré qu'entre janvier et , par province en Chine, le taux de létalité était aussi corrélé au produit intérieur brut par habitant et à l'indice de disponibilité de lits d'hôpital pour 10 000 personnes. Le degré local ou régional de capacité est donc aussi un facteur important, à prendre en compte pour le choix et la durée des mesures non pharmaceutiques[55].
- Les effets de l'extension ou d'un relâchement des mesures de contrôle de la distance physique à Wuhan ont été modélisés par Prem Kiesha[64] et al. en [65]. Leur modèle suggère qu'assouplir ces mesures en mars pourrait induire une deuxième vague dans l'hémisphère nord au milieu de l'été[65].
- Des modélisations plus précises, des effets par pays, et par type de mesures (restrictions de déplacement, distanciation physique, masques faciaux, contrôles de température, recherche des contacts, etc.) avec ou sans assouplissement des mesures anti-pandémiques sont désormais nécessaires[55].
Début , Kathy Leung et son équipe mettent en garde les gouvernants et décideurs contre l'assouplissement prématuré de mesures strictes ; « les gouvernements devraient agir et se préparer immédiatement pour garantir que le système de santé dispose d'une main-d'œuvre, de ressources et d'installations adéquates pour minimiser le risque de mortalité lié à la Covid-19 »[55].