La faune de Porto Rico, comme celle de nombreux autres archipels, se caractérise par un fort endémisme et une faible diversité biologique. Les chauves-souris sont les seuls mammifères terrestres indigènes existants à Porto Rico. Tous les autres mammifères terrestres de la région ont été introduits par les hommes, principalement des chats, des chèvres, des moutons, la petite mangouste indienne et des singes. Les mammifères marins comprennent des dauphins, des lamantins et des baleines. Des 349 espèces d’oiseaux, environ 120 viennent de l’archipel, et 47,5 % y sont rares. L’animal le plus reconnaissable et le plus célèbre de Porto Rico est probablement Eleutherodactylus coqui, une petite grenouille endémique très bruyante devenue un des symboles de l’île. Elle fait partie des 86 espèces qui constituent l’herpétofaune de l’île. Il n’existe pas de poissons d’eau douce indigènes à Porto Rico, mais quelques espèces, introduites par l’homme, ont peuplé les réservoirs et les fleuves. La faible diversité biologique est également évidente parmi les invertébrés, qui constituent la majeure partie de la faune de l’archipel. Dans l’archipel, on compte au total 131 espèces endémiques : seize oiseaux, deux crustacés, deux insectes, un myriapode, un mollusque, 30 reptiles et amphibiens, et 79 araignées, auxquelles s’ajoutent cinq sous-espèces de chauves-souris.
Depuis l’arrivée des premiers hommes il y a environ 4 000 ans et surtout depuis l’arrivée des Européens il y a plus de 500 ans, d’importants changements ont eu lieu. La chasse, la destruction des habitats, et l’introduction d’espèces d’origine étrangère ont entraîné l’extinction de certaines espèces locales. Les efforts de conservation, comme pour l’Amazone de Porto Rico, ont commencé dans la deuxième moitié du XXe siècle. Selon l’Union internationale pour la conservation de la nature, en 2002, il y avait 21 espèces menacées à Porto Rico : deux mammifères, huit oiseaux, huit reptiles et trois amphibiens.
