Polimorfismo dun só nucleótido
From Wikipedia, the free encyclopedia
Un polimorfismo dun só nucleótido, polimorfismo dun único nucleótido, polimorfismo de nucleótido único[1] ou polimorfismo de nucleótido simple, abreviado como SNP polas súas siglas en inglés (Single-Nucleotide Polymorphism), é unha variación na secuencia de ADN que consiste en que hai unha diferenza dun só nucleótido (A, T, C ou G) do xenoma (ou outra secuencia compartida) entre membros dunha especie biolóxica ou entre os cromosomas pares humanos. Por exemplo, dous fragmentos de ADN similar secuenciados en diferentes individuos que son AAGCCTA e AAGCTTA, teñen unha diferenza dun só nucleótido. Neste caso diremos que son dous alelos. Case todos os SNPs comúns teñen só dous alelos. Os SNP constitúen ata o 90% de todas as variacións xenómicas humanas, e aparecen cada 1.300 bases como media, ao longo do xenoma humano. Dous terzos dos SNP corresponden á substitución dunha citosina (C) por unha timina (T). Estas variacións na secuencia do ADN poden afectar á resposta dos individuos a enfermidades, bacterias, virus, produtos químicos, fármacos etc. Xeralmente considérase que unha destas variacións deben darse polo menos nun 1% da poboación para ser consideradas como un SNP; se a porcentaxe é inferior considéranse mutacións puntuais. Algúns autores consideran que os cambios duns poucos nucleotidos (non só os dun nucleótido) e pequenas insercións e delecións (indeis) poden considerarse tamén dentro da familia dos SNP, pero neste artigo consideraranse só os dun nucleótido.[2]
A distribución xenómica dos SNPs non é homoxénea; xa que os SNPs xeralmente aparecen máis frecuentemente en rexións non codificantes do xenoma que nas rexións codificantes ou, en xeral, onde a selección natural está actuando e fixando o alelo do SNP que supoña a adaptación xenética máis favorable.[3] Outros factores como a recombinación xenética e a taxa de mutación, poden tamén determinar a densidade dos SNP.[4]
A densidade de SNP pode predicirse pola presenza de microsatélites: en particular, os microsatélites AT son preditores poderosos da densidade de SNP, e os tramos con repeticións (AT)(n) longas tenden a encontrarse en rexións onde a densidade de SNPs é significativamente reducida e o contido GC é baixo.[5]
Dentro dunha poboación pode asignárselles aos SNPs unha frecuencia alélica menor (a menor frecuencia alélica nun locus que se observa nunha determinada poboación). Hai variacións de frecuencia entre as poboacións humanas, polo que un alelo de SNP que é común nunha área xeográfica ou grupo étnico pode ser máis raro noutro.
Estas variacións xenéticas entre individuos (especialmente en partes non codificantes dun xenoma) aprovéitanse para obter as impresións dactilares do ADN, que se utilizan en ciencia forense para distinguir individuos. Ademais, estas variacións xenéticas subliñan diferenzas na nosa susceptibilidade á enfermidade. A gravidade dunha enfermidade e o modo en que o noso corpo responde aos tratamentos son tamén manifestacións de variacións xenéticas. Por exemplo, as mutacións dunha soa base no xene da APOE (apolipoproteína E) están asociadas cun maior risco de padecer a enfermidade de Alzheimer.[6]