מגנטומטר (Magnetometer) הוא מכשיר מדידה למדידת עוצמתו וכיוונו של השדה המגנטי באזור בו נמצא. משמש לאיתור מרבצי מתכות פרומגנטיות כגון ברזל, לאיתור גופים שבהם יש מתכות פרומגנטיות וכדומה, ולמעקבים ומחקרים מדעיים על השדה המגנטי של כדור הארץ והמגנטוספירה.
מגנטומטר הרושם נתונים בצורה רציפה נקרא "מגנטוגרף" (Magnetograph).