116 נבחרות לאומיות נרשמו למוקדמות מונדיאל 1990, והתחרו על 24 מקומות בטורניר הגמר. איטליה, המארחת, וארגנטינה, האלופה המכהנת, העפילו אוטומטית והותירו 22 מקומות לשאר הנבחרות. מספר הנבחרות היה נמוך ב-5 ממספר הנבחרות שנרשמו למוקדמות מונדיאל 1986, שהיה שיא בתולדות המונדיאלים.
24 המקומות במונדיאל 1990 באיטליה הוקצו על ידי פיפ"א לקונפדרציות השונות שלה כמפורט להלן:
- אירופה (אופ"א): 14 מקומות, מתוכם 1 למארחת איטליה ועל 13 המקומות האחרים התחרו 32 נבחרות.
- דרום אמריקה (CONMEBOL): 3.5 מקומות, מתוכם 1 לאלופה המכהנת ארגנטינה ועל 2.5 המקומות האחרים התחרו 9 נבחרות. הנבחרת שזכתה בחצי מקום העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי מול נציגת אוקיאניה.
- צפון, מרכז אמריקה והקריביים (CONCACAF): 2 מקומות, עליהם התחרו 16 נבחרות.
- אפריקה (CAF): 2 מקומות, עליהם התחרו 26 נבחרות.
- אסיה (AFC): 2 מקומות, עליהם התחרו 26 נבחרות.
- אוקיאניה (OFC): חצי מקום, עליו התחרו 5 נבחרות. הנבחרת המנצחת באזור זה העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי דרום אמריקה-אוקיאניה.
שלוש בקשות הרשמה נדחו על ידי פיפ"א בגלל המצב הכלכלי הקשה של המגישות: בליז, מאוריציוס ומוזמביק. כתוצאה מכך ירד מספר הנבחרות ל-111, כיוון שגם המארחת והאלופה המכהנת לא השתתפו. גבון, עומאן ופקיסטן ערכו את הופעת הבכורה שלהן במוקדמות המונדיאל. 103 נבחרות שיחקו לכל הפחות משחק אחד. בסך הכל נערכו 314 משחקים, בהם הובקעו 735 שערים (ממוצע של 2.34 שערים למשחק, הממוצע הנמוך ביותר בתולדות המונדיאלים).
הגרלת המשחקים נערכה ב-12 בדצמבר 1987 בציריך שבשווייץ. המשחק הראשון במוקדמות נערך ב-17 באפריל 1988, והאחרון נערך ב-19 בנובמבר 1989.
דרום אמריקה
9 הנבחרות מדרום אמריקה התחרו על 3.5 מקומות במונדיאל, כשהנבחרת שזוכה בחצי מקום מעפילה לפלייאוף בין-יבשתי מול נציגת אוקיאניה. ארגנטינה, הנבחרת העשירית, העפילה אוטומטית בתור האלופה המכהנת. הנבחרות חולקו לשלושה בתים בני שלוש נבחרות כל אחד, בהם נערכו המשחקים בשיטת בית-חוץ בין יולי לספטמבר 1989. לאחר סיום המשחקים דורגו הנבחרות שסיימו במקום הראשון בכל בית, ושתי הנבחרות הטובות ביותר העפילו ישירות למונדיאל; המנצחת בעלת המאזן השלישי בטיבו העפילה לפלייאוף מול נציגת אוקיאניה.
בהגרלת המשחקים שובצו הנבחרות לשלוש קבוצות דירוג כמפורט להלן:
בית 1
נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
זכות
|
חובה
|
הפרש
|
אורוגוואי אורוגוואי
|
6 |
4 |
3 |
0 |
1 |
7 |
2 |
5
|
בוליביה בוליביה
|
6 |
4 |
3 |
0 |
1 |
6 |
5 |
1
|
פרו פרו
|
0 |
4 |
0 |
0 |
4 |
2 |
8 |
-6
|
|
|
אורוגוואי העפילה.
בית 2
נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
זכות
|
חובה
|
הפרש
|
קולומביה קולומביה
|
5 |
4 |
2 |
1 |
1 |
5 |
3 |
2
|
פרגוואי פרגוואי
|
4 |
4 |
2 |
0 |
2 |
6 |
7 |
-1
|
אקוודור אקוודור
|
3 |
4 |
1 |
1 |
2 |
4 |
5 |
-1
|
|
|
קולומביה העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי דרום אמריקה-אוקיאניה.
בית 3
נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
זכות
|
חובה
|
הפרש
|
ברזיל ברזיל
|
7 |
4 |
3 |
1 |
0 |
14 |
1 |
13
|
צ'ילה צ'ילה
|
5 |
4 |
2 |
1 |
1 |
9 |
5 |
4
|
ונצואלה ונצואלה
|
0 |
4 |
0 |
0 |
4 |
1 |
18 |
-17
|
|
|
ברזיל העפילה. ב-3 בספטמבר 1989 נערך בריו דה ז'ניירו המשחק בין ברזיל לצ'ילה, שהייתה זקוקה לניצחון על מנת לשמור על הסיכוי להעפיל למונדיאל, אך נקלעה לפיגור 0 - 1. בדקה ה-67' נפל השוער הצ'ילאני רוברטו רוחאס על המגרש, ככל הנראה עם פציעה במצח. זיקוק שנזרק מהיציע על ידי אוהדת ברזילאית בשם רוזמרי דה מלו העלה עשן במרחק קצר מהשוער. לאחר שרוחאס הורד מהמגרש סירבו השחקנים והמאמנים הצ'ילאנים לחזור, וטענו כי הם אינם חשים בטוחים עוד. בעקבות כך הוחלט להפסיק את המשחק. לאחר שפיפ"א בדקה את קלטות המשחק היא גילתה כי הזיקוק כלל לא פגע ברוחאס, שפצע את עצמו באמצעות סכין גילוח שהחביא בכפפה שלו, ולפיכך העניקה לברזיל ניצחון טכני 2 - 0 שגרם לצ'ילה לאבד את הסיכוי להעפיל למונדיאל. היא גם החליטה להעניש את צ'ילה והשעתה אותה ממוקדמות מונדיאל 1994, והשעתה את רוחאס לצמיתות (עונש זה בוטל ב-2001). גם המאמן אורלנדו אראבנה והרופא דניאל רודריגס הושעו לצמיתות מעיסוק כלשהו בכדורגל תחרותי.
אוקיאניה
טורניר המוקדמות באוקיאניה החל בנובמבר 1988, כאשר שתי הנבחרות האוקיאניות החזקות, אוסטרליה וניו זילנד, התמודדו מול חברות אחרות בקונפדרציית הכדורגל של אוקיאניה - פיג'י והרפובליקה הסינית, בצמד משחקים בשיטת בית-חוץ על מנת לקבוע מי תעפיל לסיבוב הגמר של האזור. לארבע הנבחרות האלה צורפה ישראל, שהעפילה אוטומטית לסיבוב הגמר. הנבחרת הראשונה בבית בסיום משחקי סיבוב הגמר תעפיל לפלייאוף מול הנבחרת הדרום אמריקנית השלישית בטיבה מבחינת הישגיה.
סיבוב ראשון
אוסטרליה העפילה לסיבוב הגמר.
ניו זילנד העפילה לסיבוב הגמר.
סיבוב הגמר
נבחרת
|
נקודות
|
משחקים
|
ניצחונות
|
תיקו
|
הפסדים
|
שערים
|
זכות
|
חובה
|
הפרש
|
ישראל ישראל
|
5 |
4 |
1 |
3 |
0 |
5 |
4 |
1
|
אוסטרליה אוסטרליה
|
4 |
4 |
1 |
2 |
1 |
6 |
5 |
1
|
ניו זילנד ניו זילנד
|
3 |
4 |
1 |
1 |
2 |
5 |
7 |
-2
|
|
|
ישראל העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי דרום אמריקה-אוקיאניה.
פלייאוף בין-יבשתי דרום אמריקה-אוקיאניה
קולומביה העפילה.