Zie Europees kampioenschap voetbal onder 21 - 2006 voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

De kwalificatiegroepen voor het EK-21 van 2006 waren zo veel mogelijk gelijk aan de kwalificatiegroepen voor het WK 2006 in Duitsland. Aan het EK-21 deden Andorra, de Faeröer, Liechtenstein en Noord-Ierland niet mee, dus die werden uit de groepen verwijderd. Duitsland moest zich voor dit toernooi juist wel kwalificeren en werd ingedeeld op een van de vier open plekken.

De 48 deelnemende teams werden verdeeld over zes groepen van zes, een van vijf en een van zeven. De acht groepswinnaars speelden een play-off tegen de acht nummers twee. De acht winnaars van de play-off kwalificeerden zich voor het eindtoernooi.

Kwalificatiegroepen

Groep 1

Team	Wed	W	G	V	DV	DT	Ptn
Nederland	10	7	2	1	21	7	23
Tsjechië	10	6	3	1	26	8	21
Roemenië	10	6	1	3	17	8	19
Macedonië	10	2	3	5	9	18	9
Finland	10	2	1	7	7	16	7
Armenië	10	1	2	7	2	25	5

Groep 2

Team	Wed	W	G	V	DV	DT	Ptn
Denemarken	12	9	2	1	30	12	29
Oekraïne	12	7	2	3	22	7	23
Griekenland	12	6	2	4	18	9	20
Turkije	12	5	4	3	15	9	19
Georgië	12	3	2	7	7	22	11
Albanië	12	2	3	7	9	27	9
Kazachstan	12	2	1	9	8	23	7

Groep 3

Team	Wed	W	G	V	DV	DT	Ptn
Portugal	10	10	0	0	29	3	30
Rusland	10	6	1	3	24	6	19
Slowakije	10	6	1	3	12	9	19
Letland	10	3	3	4	10	16	12
Estland	10	0	3	7	4	24	3
Luxemburg	10	0	2	8	4	25	2

Rusland eindigde boven Slowakije op basis van onderling resultaat.

Groep 4

Team	Wed	W	G	V	DV	DT	Ptn
Frankrijk	8	6	1	1	13	5	19
Zwitserland	8	4	3	1	15	8	15
Israël	8	4	3	1	11	7	15
Ierland	8	1	2	5	10	14	5
Cyprus	8	0	1	7	2	17	1

Zwitserland eindigde boven Israël op basis van uitdoelpunten.

Groep 5

Team	Wed	W	G	V	DV	DT	Ptn
Italië	10	8	1	1	16	3	25
Slovenië	10	4	3	3	13	13	15
Noorwegen	10	4	2	4	14	13	14
Wit-Rusland	10	4	1	5	20	19	13
Moldavië	10	3	2	5	8	12	11
Schotland	10	1	3	6	6	17	6

* Italië won deze wedstrijd reglementair met 3-0, omdat Schotland een geschorste speler opstelde.

Groep 6

Team	Wed	W	G	V	DV	DT	Ptn
Duitsland	10	7	3	0	24	5	24
Engeland	10	6	3	1	21	7	21
Polen	10	3	4	3	18	18	13
Oostenrijk	10	3	2	5	9	14	11
Wales	10	3	1	6	9	21	10
Azerbeidzjan	10	0	3	7	1	17	3

Groep 7

Team	Wed	W	G	V	DV	DT	Ptn
België	10	7	3	0	25	6	24
Servië en Montenegro	10	7	1	2	29	11	22
Spanje	10	6	2	2	37	8	20
Bosnië en Herzegovina	10	3	1	6	17	20	10
Litouwen	10	3	1	6	9	16	10
San Marino	10	0	0	10	4	60	0

Groep 8

Team	Wed	W	G	V	DV	DT	Ptn
Kroatië	10	8	1	1	14	6	25
Hongarije	10	6	1	3	12	7	19
Zweden	10	6	0	4	16	12	18
IJsland	10	4	1	5	15	11	13
Bulgarije	10	2	1	7	9	17	7
Malta	10	1	2	7	3	16	5

Kwalificatie-play-offs

Groepswinnaars speelden hun eerste wedstrijd thuis.

Tsjechië 0-2 Duitsland Duitsland 1-0 Tsjechië  Duitsland won in totaal met 3-0

Engeland 1-1 Frankrijk Frankrijk 2-1 Engeland  Frankrijk won in totaal met 3-2

Oekraïne 2-3 België België 1-3 Oekraïne  Oekraïne won in totaal met 5-4

Slovenië 0-0 Nederland Nederland 2-0 Slovenië  Nederland won in totaal met 2-0

Hongarije 1-1 Italië Italië 1-0 Hongarije  Italië won in totaal met 2-1

Servië & Mont. 3-1 Kroatië Kroatië 1-2 Servië & Mont.  Servië en Montenegro won in totaal met 5-2

Rusland 0-1 Denemarken Denemarken 3-1 Rusland  Denemarken won in totaal met 4-1

Zwitserland 1-1 Portugal Portugal 2-1 Zwitserland  Portugal won in totaal met 3-2