De Intertoto Cup 2006 is een Europese competitie die aan 49 clubs uit 49 landen de kans bood om een plaats in de UEFA Cup 2006/07 te veroveren. Het toernooi ging over drie rondes, waarin de clubs elkaar in een thuis- als een uitwedstrijd ontmoeten. De op papier 26 zwakste clubs zullen in de eerste ronde deelnemen, waarna de winnaars doorgaan naar de volgende ronde. Daarin voegen 15 andere clubs zich bij de winnaars. De winnaars daarvan plaatsen zich samen met 8 rechtstreeks geplaatste clubs voor de derde ronde met in het totaal 22 clubs. De 11 winnaars van de derde ronde krijgen een plaats in de tweede kwalificatieronde van het UEFA Cup-toernooi.

Uitslagen

De drie regio's voor de competitie: Noord (rood); Centraal/oost (groen) en Zuid/mediterraan (blauw)

Eerste ronde (17-18 juni en 24-25 juni)

Team 1	Tot.	Team 2	1e wedstr.	2e wedstr.
Noordelijke regio
Keflavik ÍF	4-1	Dungannon Swifts	4-1	0-0
Dinaburg FC	2-1	Havnar Bóltfelag	1-1	1-0
Tampere United	8-1	Carmarthen Town	5-0	3-1
JK Trans Narva	1-8	Kalmar FF	1-6	0-2
FK Vėtra	0-5	Shelbourne FC	0-1	0-4
Centrale/oostelijke regio
Kilikia Jerevan	1-8	FC Dinamo Tbilisi	1-5	0-3
Shakhtyor Karaganda	4-6	FC MTZ-RIPO	1-5	3-1
FC Nitra	12-2	CS Grevenmacher	6-2	6-0
FK MKT Araz Imisli	1-2	FC Tiraspol	1-0	0-2
Zuidelijke/mediterrane regio
FK Pobeda	2-4	Farul Constanţa	2-2	0-2
UE Sant Julià	0-8	NK Maribor	0-3	0-5
Ethnikos Achna FC	5-4	KF Partizani	4-2	1-2
NK Zrinjski	4-1	Marsaxlokk FC	3-0	1-1

Tweede ronde (1-2 juli en 8-9 juli)

Team 1	Tot.	Team 2	1e wedstr.	2e wedstr.
Noordelijke regio
Hibernian	8-0	Dinaburg FC	5-0	3-0
Odense BK	3-1	Shelbourne	3-0	0-1
Lillestrøm SK	6-3	Keflavik ÍF	4-1	2-2
Tampere United	3-5	Kalmar FF	1-2	2-3
Centrale/oostelijke regio
Grasshopper-Club Zürich	4-0	FK Teplice	2-0	2-0
FC Nitra	2-3	FC Dnipro Dnipropetrovsk	2-1	0-2
SV Ried	4-1	FC Dinamo Tbilisi	3-1	1-0
FC Tiraspol	4-1	Lech Poznań	1-0	3-1
FC Moskou	3-0	FC MTZ-RIPO	2-0	1-0
Zuidelijke/mediterrane regio
MFC Sopron	3-4	Kayserispor	3-3	0-1
Farul Constanţa	3-2	Lokomotiv Plovdiv	2-1	1-1
FK Zeta	1-4	NK Maribor		0-2
Maccabi Petah Tikva FC	4-2	NK Zrinjski	1-1	3-1
NK Osijek	2-2	Ethnikos Achna FC	2-2	0-0

Derde ronde (15 en 22 juli)

De elf winnende teams kwalificeerden zich voor de UEFA Cup 2006/07

Team 1	Tot.	Team 2	1e wedstr.	2e wedstr.
Noordelijke regio
Newcastle United	4-1	Lillestrøm SK	1-1	3-0
Kalmar FF	2-3	FC Twente	1-0	1-3
Odense BK	2-2	Hibernian	1-0	1-2
Centrale/oostelijke regio
Grasshopper-Club Zürich	3-2	KAA Gent	2-1	1-1
Olympique de Marseille	2-2	FC Dnipro Dnipropetrovsk	0-0	2-2
Hertha BSC Berlin	2-0	FC Moskou	0-0^	2-0
SV Ried	4-2	FC Tiraspol	3-1	1-1
Zuidelijke/mediterrane regio
AJ Auxerre	4-2	Farul Constanţa	4-1	0-1
A.E. Larisa	0-2	Kayserispor	0-0	0-2
Villarreal CF	2-3	NK Maribor	1-2	1-1
Maccabi Petah Tikva FC	3-4	Ethnikos Achna FC	0-2	3-2

^gespeeld op 16 juni

Kampioen

Omdat Newcastle United als enige van de Intertoto-winnaars de groepsfase van de UEFA Cup overleefde, kreeg de Engelse club de kampioenstrofee.

Statistieken

Scheidsrechters

Naam	Geboren	Land	Duels
Aliyev, Vusal Vusal Aliyev	14.09.1970	AZE	1	3	0	0
Atkinson, Martin Martin Atkinson	31.03.1970	ENG	1	2	0	0
Banari, Veaceslav Veaceslav Banari	01.02.1975	MDA	1	5	0	0
Berezka, Sergiy Sergiy Berezka	19.01.1972	UKR	1	1	0	0
Bertolini, Carlo Carlo Bertolini	16.09.1965	SUI	1	5	2	0
Blom, Kevin Kevin Blom	21.02.1974	NED	1	9	0	0
Borski, Marcin Marcin Borski	13.04.1973	POL	1	6	0	0
Çakır, Cüneyt Cüneyt Çakır	23.11.1976	TUR	1	3	0	0
Casha, Adrian Adrian Casha	12.10.1968	MLT	1	9	0	0
Circhetta, Claudio Claudio Circhetta	18.11.1970	SUI	1	4	0	0
Clattenburg, Mark Mark Clattenburg	13.03.1975	ENG	1	1	0	0
Collum, William William Collum	18.01.1979	SCO	1	0	0	0
Colţescu, Constantin Constantin Colţescu	06.05.1977	ROU	1	2	0	0
Corpodean, Sorin Sorin Corpodean	29.03.1965	ROU	1	3	0	0
Demirlek, Bülent Bülent Demirlek	09.09.1975	TUR	1	0	0	0
Drabek, Dietmar Dietmar Drabek	30.06.1965	AUT	1	1	0	0
Einwaller, Thomas Thomas Einwaller	25.04.1977	AUT	1	3	0	0
Georgiev, Tsvetan Tsvetan Georgiev	30.01.1975	BUL	1	4	0	0
Germanakos, Michalis Michalis Germanakos	30.03.1967	GRE	1	4	0	0
Gomes, Duarte Duarte Gomes	16.01.1973	POR	1	7	0	0
Gonchar, Aleksandr Aleksandr Gonchar	25.05.1969	RUS	1	3	0	0
González, Bernardino Bernardino González	29.03.1966	ESP	1	2	0	0
Ishchenko, Igor Igor Ishchenko	21.02.1967	UKR	1	0	0	0
Kaasik, Hannes Hannes Kaasik	11.08.1978	EST	1	5	0	0
Kalt, Philippe Philippe Kalt	19.08.1968	FRA	1	6	0	0
Kari, Petteri Petteri Kari	05.04.1970	FIN	1	2	0	0
Kinhöfer, Thorsten Thorsten Kinhöfer	27.06.1968	GER	1	7	0	0
Kister, Igor Igor Kister	06.10.1965	KAZ	1	3	0	0
Kovačić, Draženko Draženko Kovačić	08.10.1966	CRO	1	4	0	0
Kovařik, Libor Libor Kovařik	23.02.1976	CZE	1	6	0	0
Krajnc, Robert Robert Krajnc	18.01.1969	SLO	1	3	0	0
Koelbakov, Aleksej Aleksej Koelbakov	27.12.1979	BLR	1	4	0	0
Levi, Meir Meir Levi	27.10.1968	ISR	1	3	0	0
Malcolm, David David Malcolm	08.05.1969	NIR	1	3	0	0
Malžinskas, Paulius Paulius Malžinskas	21.06.1970	LTU	1	3	0	0
Matějek, Radek Radek Matějek	05.02.1973	CZE	1	5	0	0
McCourt, Adrian Adrian McCourt	13.07.1972	NIR	1	7	0	0
McKeon, David David McKeon	03.02.1972	IRL	1	5	0	0
Megyebiro, Janos Janos Megyebiro	21.06.1969	HUN	1	6	0	0
Mikołajewski, Marek Marek Mikołajewski	21.03.1972	POL	1	1	1	0
Moen, Svein Svein Moen	22.01.1979	NOR	1	6	0	0
Olšiak, Pavel Pavel Olšiak	28.10.1972	SVK	1	4	0	0
Paixão, Bruno Bruno Paixão	18.05.1974	POR	1	3	0	0
Papila, Cem Cem Papila	18.11.1966	TUR	1	5	0	0
Pérez, Alfonso Alfonso Pérez	15.09.1965	ESP	1	1	0	0
Petignat, Nicole Nicole Petignat	27.10.1966	SUI	1	0	0	0
Pieri, Tiziano Tiziano Pieri	16.11.1970	ITA	1	8	0	0
Rabrenović, Nebojša Nebojša Rabrenović	12.12.1970	SRB	1	3	0	0
Rasmussen, Peter Peter Rasmussen	15.10.1975	DEN	1	3	0	0
Richmond, Charlie Charlie Richmond	13.05.1968	SCO	1	1	0	0
Sidenko, Genadij Genadij Sidenko	07.03.1973	MDA	1	4	1	0
Silagava, Lasha Lasha Silagava	27.07.1976	GEO	1	7	0	0
Sipailo, Andrejs Andrejs Sipailo	07.01.1970	LAT	1	0	0	0
Sousa, Jorge Jorge Sousa	18.09.1975	POR	1	4	0	0
Spirkoski, Goran Goran Spirkoski	16.05.1970	MKD	1	3	0	0
Staberg, Per Per Staberg	16.10.1969	NOR	1	5	0	0
Stålhammar, Daniel Daniel Stålhammar	20.10.1974	SWE	1	3	0	0
Stanišić, Dejan Dejan Stanišić	03.04.1967	SRB	1	4	0	0
Stokes, Ian Ian Stokes	25.02.1972	IRL	1	7	0	0
Strahonja, Marijo Marijo Strahonja	21.08.1975	CRO	1	6	1	0
Strömbergsson, Markus Markus Strömbergsson	26.04.1975	SWE	1	2	2	0
Sukhina, Stanislav Stanislav Sukhina	16.08.1968	RUS	1	1	0	0
Svendsen, Michael Michael Svendsen	31.05.1967	DEN	1	8	0	0
Svilokos, Vlado Vlado Svilokos	23.09.1969	CRO	1	5	0	0
Todorov, Stanislav Stanislav Todorov	07.09.1976	BUL	1	1	0	0
Trattou, Leontios Leontios Trattou	11.02.1973	Cyprus	1	8	0	0
Trefoloni, Matteo Matteo Trefoloni	31.03.1970	ITA	1	6	0	0
Valgeirsson, Jóhannes Jóhannes Valgeirsson	01.06.1968	ISL	1	3	0	0
Van De Velde, Joeri Joeri Van De Velde	14.02.1970	BEL	1	1	0	0
Ver Eecke, Johny Johny Ver Eecke	12.06.1962	BEL	1	0	0	0
Webb, Howard Howard Webb	14.07.1970	ENG	1	3	0	0
Whitby, Mark Mark Whitby	12.08.1973	WAL	1	3	0	0
Wilmes, Luc Luc Wilmes	21.09.1968	LUX	1	2	0	0
Zakharov, Igor Igor Zakharov	08.06.1966	RUS	1	6	0	0
Zografos, Christoforos Christoforos Zografos	24.03.1969	GRE	1	4	0	0
Zrnić, Siniša Siniša Zrnić	15.06.1970	BIH	1	4	0	0
Totaal			76	284	7	8