Het 35e seizoen van de UEFA Cup (2005/06) begon voor de meeste clubs in de voorrondes. Maar het echte toernooi begon pas op 15 september. Twee clubs traden op 10 mei 2006 in de finale aan. Deze finale werd in het Philips Stadion in het Nederlandse Eindhoven gehouden. De Spaanse club Sevilla FC won in de finale met 0-4 tegen het Engelse Middlesbrough FC.

• In de eerste wedstrijd speelt Team #1 thuis, in de tweede wedstrijd speelt Team #2 thuis.
• Vetgedrukte clubs gaan door.

Voorrondes

87 clubs begonnen dit seizoen in eerste of tweede voorronde. Van deze 87 clubs konden slechts 31 zich voor de eindronde plaatsen.

Eerste voorronde

Dit waren de uitslagen van de eerste ronde van de UEFA Cup 2005-2006:

Team #1	Tot.	Team #2	1ste wed	2de wed
Baškimi Kumanovo	4 - 1	Žepče Limorad	3 - 0	1 - 1
Birkirkara	0 - 6	Apoel Nicosia	0 - 2	0 - 4
UE Sant Julià	0 - 10	Rapid Boekarest	0 - 5	0 - 5
KS Teuta	3 - 4	NK Široki Brijeg	3 - 1	0 - 3
KS Elbasani	1 - 1 (u)	Vardar Skopje	1 - 1	0 - 0
Omonia Nicosia	6 - 0	Hibernians FC	3 - 0	3 - 0
FC Domagnano	0 - 8	NK Domzale	0 - 5	0 - 3
Ferencváros	2 - 3	MTZ-RIPO Minsk	0 - 2	2 - 1
Banants Jerevan	4 - 3	Lokomotivi Tbilisi	2 - 3	2 - 0
Torpedo Koetaisi	0 - 6	FC BATE Barisaw	0 - 1	0 - 5
FC Vaduz	2 - 1	Dacia Chisinau	2 - 0	0 - 1
FK Bakoe	2 - 3	MŠK Žilina	1 - 0	1 - 3
1. FSV Mainz 05	4 - 0	MIKA Asjtarak	4 - 0	0 - 0
Nistru Otaci	5 - 2	Khazar Lenkoran	3 - 1	2 - 1
Longford Town	3 - 5	Carmarthen Town	2 - 0	1 - 5
FK Ekranas	1 - 2	Cork City	0 - 2	1 - 0
ÍBV Vestmannaeyjar	2 - 3	B36 Tórshavn	1 - 1	1 - 2
AC Allianssi	4 - 1	CS Pétange	3 - 0	1 - 1
Linfield FC	2 (u) - 2	FK Ventspils	1 - 0	1 - 2
NSÍ Runavik	0 - 6	Liepajas Metalurgs	0 - 3	0 - 3
Etzella Ettelbruck	0 - 6	ÍB Keflavik	0 - 4	0 - 2
Portadown FC	1 - 3	Viking FK	1 - 2	0 - 1
TVMK Tallinn	1 - 2	Myllykosken Pallo-47	1 - 1	0 - 1
Rhyl FC	4(u) - 4	FK Atlantas	2 - 1	2 - 3
Esbjerg fB	7 - 2	Flora Tallinn	1 - 2	6 - 0

Tweede voorronde

In de tweede voorronde spelen de 25 winnaars van de eerste voorronde en 37 andere clubs. Een van deze 37 is het Belgische KRC Genk zij speelden tegen het Letse Liepajas Metalurgs.

KRC Genk
Op 11 augustus speelden Metalurg en Genk voor het eerst tegen elkaar in Liepaja. Al in de 16e minuut opende de Let Mindaugas Kalonas de score van zijn ploeg; 1-0. Na rust maakte Kevin Vandenbergh voor Genk gelijk. In de 59e minuut kwam Genk op voorsprong door een doelpunt van Koen Daerden. De 1-3 voor Genk werd in de 81e minuut gemaakt door Nenad Stojanović en de eindstand werd nog geen twee minuten later verzegeld door een strafschop van Viktors Dobrecovs.
Op 25 augustus werd het tweede duel gespeeld in Genk. De eindstand van de wedstrijd werd binnen een half uur bepaald: in de 8e minuut scoorde Kevin Vandenbergh de 1-0, tien minuten later was het Koen Daerden die de 2-0 aantekende en de 3-0 weer tien minuten later werd gemaakt door Nenad Stojanović. De 3-0 zorgde voor een 6-2-overwinning voor Genk over twee duels waarmee het zich plaatste voor de UEFA Cup.

Uitslagen
Dit waren de uitslagen van de tweede ronde van de UEFA Cup 2005-2006:

Team #1	Tot.	Team #2	1ste wed	2de wed
Zeta Golubovci	2 - 5	NK Široki Brijeg	0 - 1	2 - 4
FSV Mainz 05	4 - 0	ÍB Keflavik	2 - 0	2 - 0
Halmstads BK	5 - 3	Linfield FC	1 - 1	4 - 2
Liepajas Metalurgs	2 - 6	Racing Genk	2 - 3	0 - 3
Myllykosken Pallo-47	2 - 2	Dundee United	0 - 0	2 - 2
FC Kopenhagen	4 - 0	Carmarthen Town	2 - 0	2 - 0
Djurgårdens IF	1 - 1	Cork City	1 - 1	0 - 0
MŠK Žilina	3 - 4	Austria Wien	1 - 2	2 - 2
NK Inter Zaprešić	1 - 7	Rode Ster Belgrado	1 - 3	0 - 4
Nistru Otaci	0 - 3	Grazer AK	0 - 2	0 - 1
OFK Beograd	2 - 2	Lokomotiv Plovdiv	2 - 1	0 - 1
Rapid Boekarest	4 - 1	Vardar Skopje	3 - 0	1 - 1
Litex Lovetsj	2 - 2	NK Rijeka	1 - 0	1 - 2
FC Vaduz	1 - 6	Beşiktaş JK	0 - 1	1 - 5
Krylia Sovetov Samara	4 - 0	BATE Borisov	2 - 0	2 - 0
Legia Warschau	1 - 5	FC Zürich	0 - 1	1 - 4
SK Brann	2 - 0	AC Allianssi	0 - 0	2 - 0
Dinamo Boekarest	4 - 3	Omonia Nicosia	3 - 1	1 - 2
Publikum Celje	1 - 3	Levski Sofia	1 - 0	0 - 3
Rhyl FC	0 - 3	Viking FK	0 - 1	1 - 2
Apoel Nicosia	3 - 2	Maccabi Tel Aviv	1 - 0	2 - 2 (n.v.)
FC Midtjylland	3 - 2	B36 Tórshavn	2 - 1	2 - 2
Esbjerg fB	1 - 1 (2-3 n.p.)	Tromsø IL	0 - 1	1 - 0
Grasshopper-Club Zürich	3 - 3	Wisła Płock	1 - 0	2 - 3
MFC Sopron	1 - 5	Metalloerg Donetsk	0 - 3	1 - 2
SV Pasching	3 - 3	Zenit Sint-Petersburg	2 - 2	1 - 1
Dyskobolia Grodzisk Wielkopolski	4 - 1	Dukla Banská Bystrica	4 - 1	0 - 0
FC Banants	2 - 8	Dnipro Dnipropetrovsk	2 - 4	0 - 4
Ashdod SC	3 - 3	NK Domžale	2 - 2	1 - 1
Baškimi Kumanovo	0 - 11	Maccabi Petach-Tikwa	0 - 5	0 - 6
MTZ-RIPO Minsk	2 - 3	FK Teplice	1 - 1	1 - 2

• n.v. = na verlenging
• n.p. = na penalty's

Eerste ronde

Aan de eerste ronde doen naast de 31 clubs uit de voorronde, ook de 16 verliezende clubs uit de derde Champions League voorronde mee en de winnaars van de UEFA Intertoto Cup. De 30 overige clubs waren al geplaatst vanwege de UEFA-coëfficiënten van hun land of, in het geval van CSKA Moskou, de UEFA Cup van 2005 te winnen. Namens België doet naast KRC Genk ook GBA mee. Nederland wordt vertegenwoordigd door AZ, Feyenoord, SC Heerenveen en Willem II.

Germinal Beerschot
In Antwerpen vond op 15 september de wedstrijd tussen GBA en het Franse Olympique Marseille plaats. In deze wedstrijd vielen echter geen doelpunten.
In de terugwedstrijd op 29 september bleef het ook 0-0, hetzelfde geldt voor de verlenging. Dat betekende dat een strafschoppenserie de ploeg moest aangeven die doorging. In de strafschoppenserie misten Dickson Agyeman en Sezer Öztürk namens GBA terwijl alle spelers van Olympique wel scoorde, dit betekende de uitschakeling van Germinal Beerschot.

Feyenoord
Op 15 september was de Rotterdamse Kuip leeg toen Feyenoord daar speelt tegen Rapid Boekarest. Dit vanwege de rellen tijdens Feyenoord - Sporting Lissabon op 24 februari 2005. Vlak voor rust zette Dirk Kuijt Feyenoord op voorsprong. In de tweede helft kreeg Rapid een strafschop na een handsbal van Serginho Greene. Ciprian Vasilache benutte deze strafschop waardoor de uitslag op 1-1 werd bepaald.
De return in Boekarest leverde na een klein half uur spelen een doelpunt op voor Rapid dankzij Mugurel Buga. Na negentig minuten stond nog steeds de 1-0 op het bord wat betekende dat Feyenoord de onderlinge ontmoeting met 2-1 had verloren en uitgeschakeld was.

AZ
In het Russisch Samara vond op 15 september het eerste duel plaats tussen Kryl'ja Sovetov en AZ. Het zou een doelpuntrijke wedstrijd worden. Al in de 12e minuut scoorde Leiton de 1-0. Maar in de 18e minuut scoorde Ron Vlaar de gelijkmaker. Vlak voor rust bepaalde Baba Adamu de ruststand op 2-1. Vlak na rust was het al 3-1 door Denis Kovba. De 3-2 kwam op naam van Kenneth Pérez, maar binnen tien minuten was het verschil alweer twee in het voordeel van de Russische club: Andrij Hoesin scoorde de 4-2. Toen Barry van Galen de 4-3 scoorde in de 85e minuut leek het daarbij te blijven maar ver in de blessuretijd scoorde Anton Bober de 5-3.
In de Alkmaarderhout probeerde AZ de 5-3-achterstand van de heenwedstrijd weg te werken. Na 15 minuten zag het ernaar uit dat dit niet zou lukken want Adanu had toen al de 0-1 gecoord. Vlak voor rust kwam AZ terug in de wedstrijd door de gelijkmaker van Barry van Galen. Met nog twintig minuten te spelen kreeg Adumu een rode kaart voor natrappen. Een kleine tien minuten later bracht invaller Danny Koevermans de stand op 2-1. Ruim vijf minuten later kreeg AZ een strafschop doordat Pérez in de rug werd gelopen. Denny Landzaat benutte deze strafschop waardoor hij de eindstand vast legde. Door de 3-1-overwinning plaats AZ zich door een reglementaire (uitdoelpunt-regel) 6-6 overwinning.

KRC Genk
In het Bulgaarse Lovetsj werd op 15 september de wedstrijd Litex Lovetsj - KRC Genk gespeeld. In de eerste helft bleef het 0-0. Maar in de 53e scoorde Koen Daerden de 0-1 voor Genk. Maar in de 65e stond het alweer 1-1 door Michail Venkov. Lang leek het 1-1 te blijven te dat Nenad Stojanović de 1-2 scoorde in de 85e minuut. Milivoje Novakovič besliste het duel in een 2-2 gelijkspel.
In de return werd in de tweede helft het enige doelpunt van de wedstrijd gescoord doelpuntenmaker was een speler met de bijnaam Sandrinho (Sandertje) namens Litex. Dit betekende dat Genk door een 2-1 nederlaag in deze onderlinge ontmoeting uitgeschakeld was.

SC Heerenveen
Ostrava was 15 september het strijdpodium voor FC Baník Ostrava en SC Heerenveen. In de 28e minuut bracht Maros Klimpl Baník via een lage kopbal op voorsprong. Ruim een kwartier later kwam de eindstand al op het bord na een wilde ingreep van Boy Waterman kreeg Baník een strafschop die door Lukas Magera werd benut, 2-0. In de tweede helft leek Klaas-Jan Huntelaar nog te scoren maar deze werd wegens buitenspel afgekeurd.
In het Abe Lenstra Stadion moest SC Heerenveen proberen de 2-0-achterstand zien goed te maken. Aan deze taak was na de eerste helft al voldaan toen Georgios Samaras en Lasse Nilsson vroeg resp. laat in de eerste helft scoorden. De doelpunten die in de tweede helft vielen, vielen binnen een tijdbestek van nog geen 10 minuut, Klaas Jan Huntelaar, Uğur Yıldırım en weer Huntelaar scoorden en brachten de eindstand op 5-0 en over twee wedstrijden op 5-2 wat betekende dat Heerenveen zich voor de tweede ronde had geplaatst.

Willem II
In het Stade Louis II te Monaco moet Willem II het 15 september opnemen tegen AS Monaco. Olivier Kapo zette de Monagasken in de eerste helft op 1-0 en Emmanuel Adebayor zette vlak na de rust de 2-0-eindstand op het bord.
Op 29 speelde de clubs weer tegen elkaar maar nu in Tilburg pas in de tweede helft werd er gescoord: Maicon opende de score en later maakte Adebayor de 2-0. Tegen het einde van de wedstrijd deed Willem II nog wat terug via Anouar Hadouir maar vlak voor tijd maakte Javier Chevantón de 1-3 waardoor Willem II over twee wedstrijd met 5-1 werd uitgeschakeld.

Wedstrijden

Team #1	Tot.	Team #2	1ste wed	2de wed
Middlesbrough FC	2 - 0	Skoda Xanthi	2 - 0	0 - 0
PAOK Saloniki	3 - 3	Metalloerh Donetsk	1 - 1	2 - 2
Litex Lovetsj	3 - 2	Racing Genk	2 - 2	1 - 0
Sevilla FC	2 - 0	FSV Mainz 05	0 - 0	2 - 0
Germinal Beerschot	0 - 0 (1-4 n.p.)	Olympique Marseille	0 - 0	0 - 0
Viking FK	2 - 2	Austria Wien	1 - 0	1 - 2
Vitória Guimarães	4 - 0	Wisła Kraków	3 - 0	1 - 0
FC Basel	6 - 0	NK Široki Brijeg	5 - 0	1 - 0
Bolton Wanderers	4 - 2	Lokomotiv Plovdiv	2 - 1	2 - 1
Grazer AK	0 - 7	RC Strasbourg	0 - 2	0 - 5
Maccabi Petah-Tikva	5 - 4	Partizan Belgrado	0 - 2	5 - 2
SK Brann	3 - 5	Lokomotiv Moskou	1 - 2	2 - 3
Dinamo Boekarest	5 - 2	Everton FC	5 - 1	0 - 1
FC Baník Ostrava	2 - 5	SC Heerenveen	2 - 0	0 - 5
Bayer Leverkusen	0 - 2	CSKA Sofia	0 - 1	0 - 1
Brøndby IF	3 - 2	FC Zürich	2 - 0	1 - 2
Apoel Nicosia	1 - 4	Hertha BSC Berlin	0 - 1	1 - 3
Feyenoord	1 - 2	Rapid Boekarest	1 - 1	0 - 1
AJ Auxerre	2 - 2	Levski Sofia	2 - 1	0 - 1
Sjachtar Donetsk	6 - 1	Debreceni VSC	4 - 1	2 - 0
Krylia Sovetov Samara	6 - 6	AZ Alkmaar	5 - 3	1 - 3
Grasshoppers	4 - 1	Myllykosken Pallo-47	1 - 1	3 - 0
Palermo	6 - 1	Anorthosis Famagusta	2 - 1	4 - 0
AS Roma	5 - 1	Aris Saloniki	5 - 1	0 - 0
CSKA Moskou	6 - 2	FC Midtjylland	3 - 1	3 - 1
Hibernian FC	1 - 5	Dnipro Dnipropetrovsk	0 - 0	1 - 5
FK Teplice	1 - 3	RCD Espanyol	1 - 1	0 - 2
Hamburger SV	2 - 1	FC Kopenhagen	1 - 1	1 - 0
Zenit	1 - 0	AEK Athene	0 - 0	1 - 0
RC Lens	5 - 3	Dyskobolia Grodzisk Wielkopolski	1 - 1	4 - 2
VfB Stuttgart	2 - 1	NK Domžale	2 - 0	0 - 1
Halmstads BK	4 - 4	Sporting Lissabon	1 - 2	3 - 2 (dts)
Rode Ster Belgrado	1 - 1	SC Braga	0 - 0	1 - 1
Vitória Setúbal	1 - 2	Sampdoria	1 - 1	0 - 1
Beşiktaş JK	4 - 2	Malmö FF	0 - 1	4 - 1
Stade Rennais	3 - 1	Osasuna	3 - 1	0 - 0
AS Monaco	5 - 1	Willem II	2 - 0	3 - 1
Vålerenga IF	1 - 6	Steaua Boekarest	0 - 3	1 - 3
Slavia Praag	4 - 1	Cork City	2 - 0	2 - 1
Tromsø IL	2 - 1	Galatasaray	1 - 0	1 - 1

Tweede ronde

Net als het voorgaande seizoen zal ook in dit seizoen de tweede ronde een groepsfase zijn. De veertig overgebleven clubs worden in acht groepen van vijf geloot. De clubs zijn hiervoor in 5 potten gestopt waarbij de sterkst clubs in pot 1 zitten en de zwakste clubs volgens de UEFA-coëfficiënt in pot 5.

Groep A

Team	Pts	Wed	W	G	V	DV	DT	DS
1. AS Monaco	9	4	3	0	1	6	2	+4
2. Hamburger SV	9	4	3	0	1	5	2	+3
3. Slavia Praag	4	4	1	1	2	6	8	-2
4. Viking FK	4	4	1	1	2	3	6	-3
5. CSKA Sofia	3	4	1	0	3	5	7	-2

Groep B

Team	Pts	Wed	W	G	V	DV	DT	DS
1. Palermo	8	4	2	2	0	6	2	+4
2. RCD Espanyol	8	4	2	2	0	4	2	+2
3. Lokomotiv Moskou	7	4	2	1	1	8	3	+5
4. Brøndby IF	4	4	1	1	2	5	8	-3
5. Maccabi Petah Tikva	0	4	0	0	4	1	9	-8

Groep C

Team	Pts	Wed	W	G	V	DV	DT	DS
1. Steaua Boekarest	8	4	2	2	0	7	0	+7
2. RC Lens	7	4	2	1	1	7	5	+2
3. Hertha BSC Berlin	6	4	1	3	0	1	0	+1
4. UC Sampdoria	5	4	1	2	1	4	3	+1
5. Halmstads BK	0	4	0	0	4	1	12	-11

Groep D

Squadra	Pts	Wed	W	G	V	DV	DT	DS
1. Middlesbrough FC	10	4	3	1	0	6	0	+6
2. AZ Alkmaar	10	4	3	1	0	5	1	+4
3. Liteks Lovetsj	6	4	2	0	2	4	5	-1
4. Dnipro Dnipropetrovsk	3	4	1	0	3	4	9	-5
5. Grasshopper-Club Zürich	0	4	0	0	4	3	7	-4

Groep E

Team	Pts	Wed	W	G	V	DV	DT	DS
1. RC Strasbourg	8	4	2	2	0	7	3	+4
2. AS Roma	7	4	2	1	1	7	6	+1
3. FC Basel	6	4	2	0	2	7	9	-2
4. Rode Ster Belgrado	4	4	1	1	2	7	8	-1
5. Tromsø IL	3	4	1	0	3	7	9	-2

Groep F

De eerste wedstrijd van SC Heerenveen speelde men in Boekarest tegen Dinamo Boekarest. De wedstrijd eindigde zoals het begon met 0-0.
Ook de tweede wedstrijd van Heerenveen tegen titelverdediger CSKA Moskou kende geen doelpunten. De derde wedstrijd werd nipt verloren, Marseille kreeg tegen het einde van de wedstrijd een penalty. De laatste wedstrijd werd voor Heerenveen pas het eerste doelpunt gescoord. Ze wonnen de wedstrijd met 2-1, na met 1-0 achter te hebben gestaan. Omdat Boekarest verloor in Marseille weet Heerenveen zich te plaatsen voor de volgende ronde.

Squadra	Pts	Wed	W	G	V	DV	DT	DS
1. Olympique de Marseille	9	4	3	0	1	5	3	+2
2. Levski Sofia	6	4	2	0	2	4	4	0
3. SC Heerenveen	5	4	1	2	1	2	2	0
4. CSKA Moskou	4	4	1	1	2	3	4	-1
5. Dinamo Boekarest	4	4	1	1	2	2	3	-1

Groep G

Team	Pts	Wed	W	G	V	DV	DT	DS
1. Rapid Boekarest	9	4	3	0	1	5	2	+3
2. Sjachtar Donetsk	9	4	3	0	1	4	1	+3
3. VfB Stuttgart	9	4	3	0	1	6	4	+2
4. PAOK Saloniki	3	4	1	0	3	6	5	+1
5. Stade Rennais	0	4	0	0	4	1	10	-9

Groep H

Squadra	Pts	Wed	W	G	V	DV	DT	DS
1. Sevilla FC	7	4	2	1	1	8	4	+4
2. Zenit Sint-Petersburg	7	4	2	1	1	5	4	+1
3. Bolton Wanderers	6	4	1	3	0	4	3	+1
4. Beşiktaş JK	5	4	1	2	1	5	6	-1
5. Vitória Guimarães	1	4	0	1	3	4	9	-5

Derde ronde

• De volgende clubs komen uit de Champions League en eindigden derde in hun poule:

Club Brugge, FC Thun, Udinese Calcio, Lille OSC, Schalke 04, Rosenborg BK, Real Betis, Artmedia Bratislava

De derde ronde wordt in februari 2006 gespeeld. Aan deze derde ronde doen de drie hoogst geëindigde van elke groep van de tweede ronde mee en de nummers drie uit de Champions League groepen. De nrs. 1 van een groep moeten tegen de nrs. 3 van de andere groepen en de nrs 2 van elke groep tegen de nrs 3 uit de Champions League-groepen.

SC Heerenveen
Steaua Boekarest speelde op 15 februari in Heerenveen tegen SC Heerenveen, nadat Arnold Bruggink SC Heerenven op 1-0 zette scoorde Dica binnen 5 minuten de gelijkmaker. In de tweede helft besliste Steaua de wedstrijd door via Goian en Paraschiv de 1-2 en 1-3 te scoren. In de return wist alleen Bruggink te scoren waardoor de Roemeense club naar de vierde ronde gingen en daarmee SC Heerenveen uitschakelde.

AZ
Ook AZ verloor het eerste duel tegen Real Betis. In de slotfase wisten Diego Tardelli en Robert te scoren. In de Alkmaarderhout won AZ na verlenging met 2-1, dit was niet genoeg voor de vierde ronde. Arveladze en Kew Jaliens scoorden namens AZ, Melli scoorde namens Betis.

Club Brugge
Club Brugge was een van de 8 clubs die via een derde plaats in de Champions League groepsfase de derde ronde van het UEFA Cup toernooi bereikten. Net als de twee Nederlandse clubs slaagde ook Club Brugge er niet in de vierde ronde te bereiken. Tegen AS Roma verloor Club Brugge twee keer met 2-1. Portillo scoorde voor Club in het Jan Breydelstadion terwijl Günther Vanaudenaerde met een eigen doelpunt AS Roma op 1-1 bracht en Simone Perrotta het winnende doelpunt voor Roma scoorde. In Rome scoorden Gert Verheyen voor Club Brugge en Mancini en Cesare Bovo voor Roma.

Wedstrijden

Team #1	Tot.	Team #2	1ste wed	2de wed
Udinese Calcio	3 - 1	RC Lens	3 - 0	0 - 1
Club Brugge	2 - 4	AS Roma	1 - 2	1 - 2
Artmedia Bratislava	0 - 3	Levski Sofia	0 - 1	0 - 2
FC Basel	2 - 1	AS Monaco	1 - 0	1 - 1
Betis Sevilla	3 - 2	AZ Alkmaar	2 - 0	1 - 2 (dts)
Bolton Wanderers	1 - 2	Olympique de Marseille	0 - 0	1 - 2
SC Heerenveen	2 - 3	Steaua Boekarest	1 - 3	1 - 0
Hertha BSC Berlin	0 - 3	Rapid Boekarest	0 - 1	0 - 2
Lille OSC	3 - 2	Sjachtar Donetsk	3 - 2	0 - 0
Litex Lovetsj	0 - 2	RC Strasbourg	0 - 2	0 - 0
Lokomotiv Moskou	0 - 3	Sevilla FC	0 - 1	0 - 2
Rosenborg BK	1 - 4	Zenit Sint-Petersburg	0 - 2	1 - 2
Schalke 04	5 - 1	RCD Espanyol	2 - 1	3 - 0
Slavia Praag	2 - 2	Palermo	2 - 1	0 - 1
VfB Stuttgart	2 - 2	Middlesbrough	1 - 2	1 - 0
FC Thun	1 - 2	Hamburger SV	1 - 0	0 - 2

Vierde ronde

Wedstrijden

Team #1	Tot.	Team #2	1ste wed	2de wed
Middlesbrough	2 - 2	AS Roma	1 - 0	1 - 2
Rapid Boekarest	3 - 3	Hamburger SV	2 - 0	1 - 3
Lille OSC	1 - 2	Sevilla	1 - 0	0 - 2
FC Basel	4 - 2	RC Strasbourg	2 - 0	2 - 2
Steaua Boekarest	3 - 0	Betis Sevilla	0 - 0	3 - 0
Palermo	1 - 3	Schalke 04	1 - 0	0 - 3
Udinese Calcio	1 - 2	Levski Sofia	0 - 0	1 - 2
Olympique de Marseille	1 - 2	Zenit Sint-Petersburg	0 - 1	1 - 1

Kwartfinale

Wedstrijden

Team #1	Tot.	Team #2	1ste wed	2de wed
Sevilla FC	5 - 2	Zenit Sint-Petersburg	4 - 1	1 - 1
Levski Sofia	2 - 4	Schalke 04	1 - 3	1 - 1
Rapid Boekarest	1 - 1	Steaua Boekarest	1 - 1	0 - 0
FC Basel	3 - 4	Middlesbrough	2 - 0	1 - 4

Halve finale

Wedstrijden

Team #1	Tot.	Team #2	1ste wed	2de wed
Steaua Boekarest	3 - 4	Middlesbrough	1 - 0	2 - 4
Schalke 04	0 - 1	Sevilla	0 - 0	0 - 1 (n.v.)

Finale

Zie UEFA Cupfinale 2006 voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

De finale vond op 10 mei plaats in het Philips Stadion in het Nederlandse Eindhoven. De finale werd gespeeld tussen de twee winnaars van de halve finales.

10 mei 2006
	Middlesbrough	0 – 4	Sevilla FC	Philips Stadion, Eindhoven Toeschouwers: 36.500 Scheidsrechter: Fandel (Duitsland)
			27' Luís Fabiano  78'  84' Enzo Maresca  89' Frédéric Kanouté