Pfam
From Wikipedia, the free encyclopedia
Pfam je baza podataka porodica proteina koja uključuje njihove napomene i višestruka poravnanja sekvenci generirana korištenjem skrivenih Markovljevih modela.[1] [2] [3] Najnovija verzija, Pfam 34.0, objavljena je u martu 2021. i sadrži 19.179 porodica. [4]
Opća svrha Pfam baze podataka je da pruži potpunu i tačnu klasifikaciju porodica i domena proteina.[5] Prvobitno, razlog za kreiranje baze podataka bio je da postoji poluautomatska metoda prikupljanja informacija o poznatim porodicama proteina kako bi se poboljšala efikasnost označavanja genoma. [6] Pfam klasifikacija porodica proteina je široko prihvaćena od strane biologa zbog široke pokrivenosti proteina i razumnih konvencija imenovanja.[7]
Za svaku porodicu u Pfamu može se:
- Pogledati opis porodice
- Pogledati višestruka poravnanja
- Pogledati arhitekture proteinskih domena
- Ispitati distribuciju vrsta
- Pratiti veze do drugih baza podataka
- Pogledati poznate strukture proteina