El mercuri és un metall molt tòxic, afecta principalment les funcions cerebrals (neurotòxic) i renals (nefrotòxic) i se sospita que és un disruptor endocrí i pot induir certs càncers (es va observar per exemple, casos de leucèmia en la intoxicació per mercuri massiva de Minamata del Japó). L'any 2007 es va demostrar que el mercuri té un efecte citotòxic sobre les cèl·lules mare del sistema nerviós central.[1] És un element que s'evapora fàcilment i en estat de vapor l'organisme l'assimila més fàcilment cosa que augmenta la seva acció nociva. Nocivitat que a més s'incrementa amb l'absorció simultània de coure, zinc o plom.
La intoxicació per mercuri també rep el nom d'hidrargíria (del nom grecollatí del mercuri: hydrargirium)
Cal distingir els efectes de les sals de mercuri (mercuri sota la forma ionitzada) Hg₂2+ i del Hg+ del mercuri metàl·lic Hg0, dels efectes dels compostos orgànics del mercuri (metilmercuri CH₃Hg especialment) molt més tòxics.