Il participe à la rébellion qui aboutit à la chute du régime de Mohamed Siad Barre en janvier 1991. Il combat ensuite les troupes des États-Unis et des Nations unies présentes dans le pays. Aidid est l'une des principales cibles de l'opération Restore Hope menée par les États-Unis et par l'ONU pour fournir de l'aide humanitaire et briser le siège militaire de la Somalie. Il se déclare président de la Somalie après avoir contraint les forces de l'ONU à quitter le pays en 1995. Il meurt lors d'un combat entre factions le . Il savait parler le somali, l'italien, l'anglais et l'arabe.