Le jeu propose un mode histoire de style arcade. Bien que le jeu couvre vaguement les événements du manga original depuis la premier partie de l'histoire jusqu’à l’invasion de Konoha, les douze histoires du jeu sont conçues pour représenter les événements du point de vue de différents personnages et, par conséquent, certains d’entre eux restent différents de la source originale. (comme Neji déclaré vainqueur de son combat avec Naruto). Le jeu a été apprécié pour ses décors à la «manga».