Bestand:Dna-SNP.svg
Uit Wikipedia, de vrije encyclopedia
Oorspronkelijk bestand (SVG-bestand, nominaal 520 × 333 pixels, bestandsgrootte: 1,15 MB)
Dit is een bestand van Wikimedia Commons. Onderstaande beschrijving komt van de beschrijving van het bestand daar. |
Beschrijving
BeschrijvingDna-SNP.svg |
English: A Single Nucleotide Polymorphism is a change of a nucleotide at a single base-pair location on DNA. Created using OpenSCAD v2021.01 and Inkscape v1.0.2. |
Datum | |
Bron | Eigen werk |
Auteur | David Eccles (Gringer) |
Construction process
This file was derived from a 3D model of DNA, converted to SVG and coloured using David Eccles' STL2SVG script:
type=orig; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svg type=mut; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svg
The DNA models were then combined and annotated using Inkscape. The DNA backbone for the model is a pentagon extruded over a sine wave using David Eccles' guided path extrude script. The model source file (in OpenSCAD format) is shown below:
use <guided_extrude.scad>; hl = 100; // helix length hp = 33.2; // helix pitch [in angstroms] hr = 10; // helix radius [in angstroms] bbr = 1.5; // backbone radius loops = hl / hp; // random bases //bases = rands(0, 4, ceil(360 * loops / 34.3),1); // *GRINGENE* -- TAA GGN MGN ATH AAY GGN GAR AAY GAR TGA // -- TAA GGC AGG ATC AAC GGC GAG AAC GAG TGA // A = 0; G = 1; C = 2; T = 3 // [different from my usual order, // to simplify the 3D model logic] bases = [3,3,3, 1,1,2, 0,1,1, 0,3,2, 0,0,2, 1,1,2, 1,0,1, 0,0,2, 1,0,1, 3,1,0]; bAng = atan2(sin(120) - sin(0), cos(120) - cos(0)); drawMode = "all"; module lineTo(x1, x2){ hull(){ translate(x1) sphere(r=0.25, $fn=5); translate(x2) sphere(r=0.25, $fn=5); } } backbone_profile = [for(th = [0:72:359]) [bbr*cos(th), bbr*sin(th)*1]]; inc = floor($t * 30); thf = ($t * 30) - inc; h1limit = (360 * loops); h1jump = (360 * loops); helix_1 = [for(th = [(thf*34.3):(34.3/2):h1jump]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * th / (360 * loops)]]; helix_2 = [for(th = [120:(34.3/2):(360 * loops+120)]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * (th-120) / (360 * loops)]]; module purine(){ linear_extrude(height=0.75, center=true){ // average hydrogen bond length in water: 1.97 A // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details translate([-0.985,0]) // scale: average of C-C and C=C bond length scale(1.435) translate([-2,0]) rotate(12) rotate(18){ rotate(-30) translate([1,0]) circle(r=1, $fn=6); color("blue") rotate(36) translate([-1 / (2*sin(36)),0]) circle(r=1 / (2*sin(36)), $fn=5); } } } module pyrimidine(){ linear_extrude(height=0.75, center=true){ // average hydrogen bond length in water: 1.97 A // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details translate([-0.985,0]) scale(1.435) translate([-2, 0]) translate([1,0]) circle(r=1, $fn=6); } } $vpt = [0, 0, 0]; //$vpr = [310, 105, 10]; $vpr = [0, 0, 0]; rotate([310, 105, 130]) translate([0,0,-hl/2]) { if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_1); if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_2); for(thb = [inc:(360 * loops / 34.3 + inc)]) { thi = thb-inc; th = (thi-thf) * 34.3; thisBase = bases[floor(thb%30)]; doPur = (thisBase < 2); // base bond has a -1.2° angle; // not quite sure how to implement that baseFrac = (doPur ? 0.55 : 0.45); baseFInv = 1 - baseFrac; translate([0,0,hl * th / (360 * loops)]) rotate([-1.2,0,0]){ if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") lineTo([hr * cos(th)*(baseFrac-0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac+0.15), hr * sin(th)*(baseFrac-0.15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac+0.15)], [hr * cos(th+120), hr * sin(th+120)]); if(th < (h1jump)) if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") lineTo([hr * cos(th), hr * sin(th)], [hr * cos(th)*(baseFrac+0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac-0.15), hr * sin(th)*(baseFrac+0.15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac-0.15)]); if(drawMode == "all" || (drawMode == "A" && thisBase == 0) || (drawMode == "G" && thisBase == 1) || (drawMode == "C" && thisBase == 2) || (drawMode == "T" && thisBase == 3) ) color((thisBase < 1) ? "green" : (thisBase < 2) ? "gold" : (thisBase < 3) ? "blue" : "red") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) rotate(180 + bAng + th) if(doPur) { purine(); } else { pyrimidine(); }; if(drawMode == "all" || (drawMode == "A" && thisBase == 3) || (drawMode == "G" && thisBase == 2) || (drawMode == "C" && thisBase == 1) || (drawMode == "T" && thisBase == 0) ) if(th < (h1jump)) color((thisBase < 1) ? "red" : (thisBase < 2) ? "blue" : (thisBase < 3) ? "gold" : "green") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) rotate(bAng+th) if(doPur) { pyrimidine(); } else { purine(); }; } } if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") { translate(helix_1[len(helix_1)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5); translate(helix_1[0]) sphere(r=bbr, $fn=5); } if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") { translate(helix_2[0]) sphere(r=bbr, $fn=5); translate(helix_2[len(helix_2)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5); } }
Licentie
Toestemming wordt verleend voor het kopiëren, verspreiden en/of wijzigen van dit document onder de voorwaarden van de GNU-licentie voor vrije documentatie, versie 1.2 of enige latere versie als gepubliceerd door de Free Software Foundation; zonder Invariant Sections, zonder Front-Cover Texts, en zonder Back-Cover Texts. Een kopie van de licentie is opgenomen in de sectie GNU-licentie voor vrije documentatie.http://www.gnu.org/copyleft/fdl.htmlGFDLGNU Free Documentation Licensetruetrue |
- De gebruiker mag:
- Delen – het werk kopiëren, verspreiden en doorgeven
- Remixen – afgeleide werken maken
- Onder de volgende voorwaarden:
- naamsvermelding – U moet op een gepaste manier aan naamsvermelding doen, een link naar de licentie geven, en aangeven of er wijzigingen in het werk zijn aangebracht. U mag dit op elke redelijke manier doen, maar niet zodanig dat de indruk wordt gewekt dat de licentiegever instemt met uw werk of uw gebruik van zijn werk.
Items getoond in dit bestand
beeldt af
Waarde zonder Wikidata-item
18 dec 2014
image/svg+xml
Bestandsgeschiedenis
Klik op een datum/tijd om het bestand te zien zoals het destijds was.
Datum/tijd | Miniatuur | Afmetingen | Gebruiker | Opmerking | |
---|---|---|---|---|---|
huidige versie | 8 mei 2021 15:07 | 520 × 333 (1,15 MB) | Gringer | Update to slightly more accurate 3D model, showing base rings | |
17 dec 2014 23:50 | 457 × 298 (251 kB) | Gringer | Increase nominal size to something readable | ||
17 dec 2014 23:46 | 120 × 80 (244 kB) | Gringer | Updated to 3D model, different DNA sequence | ||
6 jul 2007 03:40 | 416 × 521 (59 kB) | Gringer | {{Information |Description=A Single Nucleotide Polymorphism is a change of a nucleotide at a single base-pair location on DNA. Created using Inkscape v0.45.1. [modified to remove long tails on DNA] |Source=self-made |Date=2007-07-06 |Author=David Hall (~~ | ||
6 jul 2007 02:56 | 471 × 521 (59 kB) | Gringer | {{Information |Description=A Single Nucleotide Polymorphism is a change of a nucleotide at a single base-pair location on DNA. Created using Inkscape v0.45.1. |Source=self-made |Date=2007-07-06 |Author=David Hall (~~~) |other_versions= }} |
Bestandsgebruik
Dit bestand wordt op de volgende 2 pagina's gebruikt:
Globaal bestandsgebruik
De volgende andere wiki's gebruiken dit bestand:
- Gebruikt op ar.wikipedia.org
- Gebruikt op ast.wikipedia.org
- Gebruikt op bs.wikipedia.org
- Gebruikt op ca.wikipedia.org
- Gebruikt op cs.wikipedia.org
- Gebruikt op de.wikipedia.org
- Gebruikt op el.wikipedia.org
- Gebruikt op en.wikipedia.org
- Single-nucleotide polymorphism
- Haplotype
- Genealogical DNA test
- Human genetic variation
- Haplogroup I-M253
- User:Bci2
- Molecular models of DNA
- User:Bci2/Books/Wk2Book
- User:Bci2/Books/Wk3vol1
- User:Bci2/Books/Wk4
- Talk:Molecular models of DNA/Galleries
- Heather Dewey-Hagborg
- Evolution of the wolf
- Talk:DNA sequencing/Archive 1
- Gebruikt op es.wikipedia.org
- Gebruikt op et.wikipedia.org
- Gebruikt op fa.wikipedia.org
- Gebruikt op fi.wikipedia.org
- Gebruikt op fr.wikipedia.org
- Gebruikt op gl.wikipedia.org
- Gebruikt op he.wikipedia.org
- Gebruikt op hu.wikipedia.org
- Gebruikt op it.wikipedia.org
- Gebruikt op ja.wikipedia.org
- Gebruikt op la.wikipedia.org
- Gebruikt op mk.wikipedia.org
Globaal gebruik van dit bestand bekijken.
Metadata
Dit bestand bevat metadata met EXIF-informatie, die door een fotocamera, scanner of fotobewerkingsprogramma toegevoegd kan zijn.
Breedte | 520 |
---|---|
Hoogte | 332.93881 |